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[综合交流] gromacs绘制的空间分布函数定义理解

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各位老师根据gromacs或者travis软件得到的空间分布函数定义是粒子的局部数密度与平均数密度之比吗?导入到vmd设置等值面时,这个等值面的单位是个无量纲吗?如何表现的溶剂配位层结构呢,例如我下图绘制的二氧化碳周围的溶剂分子,导入vmd时候等值面范围为0-0.74,选择0.69的时候围绕CO2出现一圈(图1),增大到0.55的时候圈开始闭合逐渐形成一个球且内部出现一圈等值面(图2),继续减小到0.37时候外层球消失留下内层球(图三),那么是不是最内层的这一部分就是对应的第一溶剂层?

202608250049089814..png (62.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图3

图3

202608250048273097..png (40.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图2

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图1

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