分子对接蛋白与ATP4-小分子的一些疑问

uenh1998

这几天利用AutoDock 做蛋白与ATP4- 的分子对接遇到了一点问题，想请教一下各位老师。


左边 这个图是经程序加氢 以后对接结束的配体结构。准备做后续的分子动力学模拟时候，发现氢原子的位置并不合理。  


然后我做了以下的操作。 保留除氢原子外的原子坐标不变，删除不合理位置的氢，并在合适的位置加上正确的氢得到需要的结构（右图），然后用于后续的MD模拟。 请问老师这样的操作合理么。  我想，主干原子坐标不变，只变更氢原子位置的话，后续分子动力学模拟 还要经过能量极小化，也会优化到合适的地方去，所以没关系吧。