关于膜蛋白体系的疑问

夜航星

各位老师好。我目前正在尝试研究抗菌肽 NZ2114 与金黄色葡萄球菌的跨膜蛋白MraY、Lipid II 之间可能的相互作用。本人刚开始系统学习膜蛋白分子动力学，担心初始结构的膜拓扑和后续体系设计存在原则性问题，想请各位老师帮忙审查一下。下面尽量把结构来源、体系组成和 MD 参数写完整。
DOPG：160 个；DOPC：160 个；Na+：232 个；Cl-：78 个；TIP3P 水：28589 个；总原子数：134826；初始盒子：11.1561 × 11.1561 × 11.6772 nm；体系总电荷：0。时间步长：2 fs；生产时长：200 ns，100000000 steps；坐标输出：每10 ps；能量和日志输出：每2 ps；非键列表：Verlet scheme；静电：PME，rcoulomb = 1.2 nm；范德华：force-switch，1.0–1.2 nm；约束：所有含氢键使用 LINCS;温控：v-rescale；温控分组：SOLU、MEMB、SOLV 三组；tau-t = 1.0 ps；温度：310 K；压控：C-rescale；
膜为对称 DOPC:DOPG ，选择这一组成是为了先与 plectasin/NZ2114 文献中常用的阴离子模型膜比较。但我也意识到它不是金黄色葡萄球菌的真实主要膜组成；后者更应考虑 PG、cardiolipin 和 lysyl-PG。
NZ2114 是 plectasin 的 40 aa 三突变衍生肽，已知主要靶标是细胞壁前体 Lipid II。我的初始假说是：NZ2114 除了结合 Lipid II 外，是否可能与MraY这个跨膜蛋白形成直接或膜表面邻近相互作用。
目前是使用 CHARMM-GUI Membrane Builder 建膜，任务编号为 8762237745。当前体系不含 Lipid II，也没有额外加入 Ca2+。我看我们公社里面有帖子询问过膜蛋白体系如何构建，我也尝试过社长说的可以减少计算量的方法，但是某一步卡住了就换成了更简单的CHARMM-GUI了。

我想请教的是：这种 AF3 预置的胞质侧界面还有没有生物学解释价值？是否应该只把它保留为“人工预结合构型的动力学稳定性测试”，而不能用于支持天然直接结合？我的模型参数设置的是否合理？是否还有更好的办法？MraY的活性中心朝向是否可以通过动力学模拟确定？（我使用膜蛋白方向预测网站显示活性中心在细胞外，但是经典的细胞壁合成模型显示在细胞质侧）对于这种AF3预置的膜蛋白–抗菌肽界面，除了多重复、替代起始姿势和结合自由能外，还有哪些关键的阴性对照或判废标准？

student0618

有不少方法预测跨膜部分，可以对比参考一下。
快速用看的就是开蛋白hydrophobic surface，穿膜部分一片多时hydrophobic的。

AF 的iPTM等达标一般都判定可用，除非是明显不合理或已知和实验对不上的的。比如我以前AF2 multimer刚出时预测splice variant，就两个蛋白的dimer其中一个蛋白少了一段，预测出来直接少了那部分没连上分数无论是单个残基/整体plDDT，dimer 界面iPTM都很高。这个分数再高也明显不能用。

模拟方法很多，选哪个很看目的和时间。楼主说的最简单的把complex 放进膜来考察，统计配体多肽的稳定性以及和膜的接触是一种。
有时会用更复杂的模拟结合过程让配体自己找口袋、或先模拟apo找隐藏口袋再放配体也有。这些方法需要更长时间或用到增强采样，目的也未必相同。