CP2K结构优化后分子部分跑出晶胞

王宇飞 · 发表于 Post on 3 hour ago

各位老师好，我最近正在学习CP2K，尝试着进行结构优化，模型是石墨烯以及上面的一个钴酞菁分子。经过优化计算并且结果显示收敛，但是我把输出的文件打开后发现酞菁分子一部分跑到了晶胞以外，为了更好的显示，我在VESTA中打开了显示边界外原子，这样能更明显的看到跑出边界。请问这种情况优化好的结构还能用吗？我该怎么处理呢？
图1

图2

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UW_0728. · 发表于 Post on 2 hour ago

本帖最后由 UW_0728. 于 2026-8-30 19:15 编辑

为什么要设置
&TOPOLOGY
&CENTER_COORDINATES #Centering atoms in the box
&END CENTER_COORDINATES
&END TOPOLOGY

？

还有，既然在用OUTER_SCF，为什么EPS_SCF还要设置为128？

UW_0728. · 发表于 Post on 2 hour ago

通常而言应该问题不大，分子在平面内有“滑移”，只要最终优化达到了收敛指标，我觉得可以接受，毕竟在XY方向上还是周期性的

王宇飞 · 发表于 Post on 1 hour ago

UW_0728. 发表于 2026-8-30 19:19
通常而言应该问题不大，分子在平面内有“滑移”，只要最终优化达到了收敛指标，我觉得可以接受，毕竟在XY方 ...

感谢您指出问题。我又查了一下，第一个貌似会和我固定石墨烯层冲突，所以不应该要这个。第二个我再计算的时候也发现了，会浪费很多计算时间，128是不合理的。我打算修正一下再重新优化。同时，我查到了Sob老师的一个帖子，我想跑出边界应该是可以利用Sob老师的文章《Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍》http://sobereva.com/610中提出的方法，把它拉回来。

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