Amber如何求溶解自由能？

Accelerator · 发表于 Post on 2017-6-12 17:16:03

本帖最后由 Accelerator 于 2017-6-12 17:35 编辑

想要计算把一个分子放到水盒子里后的自由能变，所以打算用小分子加上水盒子去掉小分子作为始态，水盒子+小分子作为终态进行热力学积分，由于其中原子数发生变化，按照Amber手册上的说法要把发生变化的原子设成dummy atom，但是并没有查到这一步是怎么做的。而Soft-core方法的mdin文件写法又没有看懂。。另一个问题：没有查到Amber中化学势的计算方法。Leach的书上讲化学势是通过在体系中移除一个分子的方式算出的，这在Amber中是否有实现方法？

agent99 · 发表于 Post on 2017-6-13 01:03:26

没有试过用explicit solvent算溶解自由能，感觉需要相当长的模拟时间才能收敛，毕竟始态和终态的差别挺大的。这种问题貌似用implicit solvent算的多一些，PB或者GB之类的

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-6-13 10:57:08

http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial9/
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial9/setup_old.html

算fep/TI必须使用soft-core potential

从体系中移除一个分子的自由能变正是使用FEP/TI方法，然后就可以算化学势了

另外算溶解自由能也有另外一种方法，建立一个水盒子，周期性边界条件中X和Y都和水盒子一样大，但是Z为水盒子z轴长度的2倍。跑NVT系综，用PMF计算方法（US,MtD），小分子质心距水盒子的中心的距离在Z轴的投影（distanceZ）为反应坐标计算PMF。

如果小分子是刚性，和溶剂没有特殊作用的话也可以用QM+隐式溶剂的方法

Accelerator · 发表于 Post on 2017-6-13 11:23:26

以及在xleap的Edit Atom的可视化界面里看到有一列名为unused，有一部分原子在这一栏自动显示为true，手动修改之后还会变回去；而用set命令试图修改原子的unused属性值则提示没有这个属性。所以unused这一栏是什么？

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-6-13 20:05:58

Accelerator 发表于 2017-6-13 11:23
以及在xleap的Edit Atom的可视化界面里看到有一列名为unused，有一部分原子在这一栏自动显示为true，手动修 ...

AMBER具体设置我不太清楚，我只懂NAMD=。=

Accelerator · 发表于 Post on 2017-6-14 19:13:50

我试了一天Soft core的方法，各种奇怪的报错，不想折腾了。。如果我用parmed把终态中要移除的原子的电荷和LJ参数都设成0应该就能让这个原子相当于dummy atom吧。

agent99 · 发表于 Post on 2017-6-15 01:08:49

Accelerator 发表于 2017-6-14 19:13
我试了一天Soft core的方法，各种奇怪的报错，不想折腾了。。如果我用parmed把终态中要移除的原子的电荷和L ...

这个是挺麻烦的，而且我记得sander和pmemd做TI的方法还不一样，一个是一套参数文件，一个要两套。。。用parmed应该是很好的办法

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