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[GROMACS] 请教,力场中Se原子的原子类型

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AMBER力场中找不到Se原子的原子类型,原始文献也没找到,请教哪位有经验的老师,遇到此情况的处理方法,非常感谢。

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发表于 Post on 2017-6-13 11:47:50 | 只看该作者 Only view this author
Amber/GAFF主要面向生物和普通有机体系,Se是肯定没有的,适当时候可以自己拟合力场参数,看具体用到什么体系什么问题上,要求不高的时候在硫的基础上进行调整也可以。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-13 16:19:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-13 11:47
Amber/GAFF主要面向生物和普通有机体系,Se是肯定没有的,适当时候可以自己拟合力场参数,看具体用到什么体 ...

谢谢sob老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-13 16:25:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-13 11:47
Amber/GAFF主要面向生物和普通有机体系,Se是肯定没有的,适当时候可以自己拟合力场参数,看具体用到什么体 ...

sob老师,我是要比较O-s-se一族元素的差异,是不是就只能用拟合参数的办法了,拟合参数,键长键角,二面角都需要拟合吗?可不可以只拟合二面角项。

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发表于 Post on 2017-6-13 16:44:04 | 只看该作者 Only view this author
guoy14iccas 发表于 2017-6-13 16:25
sob老师,我是要比较O-s-se一族元素的差异,是不是就只能用拟合参数的办法了,拟合参数,键长键角,二面 ...

都得拟合。像键长,这些原子共价半径都不同,平衡键长肯定相差很多,不能不考虑
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-6-13 21:35:07 | 只看该作者 Only view this author
先到文献中找吧,不行换个力场得了,如果没有经验的话拟合一个原子的LJ,键长键角参数不是那么容易的...

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发表于 Post on 2022-4-26 21:23:28 | 只看该作者 Only view this author
请问楼主关于Se的问题解决了吗?我也遇到了相同的问题

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发表于 Post on 2022-4-27 06:30:01 | 只看该作者 Only view this author
AlanTam 发表于 2022-4-26 21:23
请问楼主关于Se的问题解决了吗?我也遇到了相同的问题

用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)创建含Se体系的拓扑文件,其中Se的LJ参数用UFF的凑合
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发表于 Post on 2022-4-27 16:25:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-27 06:30
用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)创建含Se体系的拓扑文件,其中Se的LJ参数用UFF的凑合

谢谢sob老师的耐心解答,使用sob老师编写的拓扑文件非常简捷快速,我使用后出现如下default,想请问一下老师我是哪里出错了吗?另外生成的拓扑文件是直接写进力场中的aminoacids.rtp中吗?

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发表于 Post on 2022-4-28 05:16:43 | 只看该作者 Only view this author
AlanTam 发表于 2022-4-27 16:25
谢谢sob老师的耐心解答,使用sob老师编写的拓扑文件非常简捷快速,我使用后出现如下default,想请问一下 ...

蛋白质拓扑文件应当用pdb2gmx。http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ5说得很明白了

搞不清楚你到底要创建什么的拓扑文件,结构图贴出来描述清楚
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