一个关于溶剂化自由能的问题

ChaosChiao · 发表于 Post on 2015-1-14 09:25:31

MM-GBSA计算出来的结果包含了一向EGB，是溶剂化自由能。我最近计算的一个体系，两个小分子结构很类似，不同的是一个小分子多了一个氨基基团，而另一个小分子是CH3，计算出来的结果这个带氨基的EGB是31KJ/MOL，不带氨基的是24KJ/MOL。我有点疑惑是氨基作为极性基团，不是应该更加容易溶于水吗？为何溶剂化自由能反而更大，反而更不利于结合？

fhh2626 · 发表于 Post on 2015-1-14 11:52:38

dG(GB)不是溶剂化自由能，而是生成物和反应物的溶剂化自由能差，剩下的你自己想想就可以解释了

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-15 16:43:58

在极性溶剂中，溶质的极性基团会令分子的溶剂化自由能更负（更容易溶解）。
我怀疑你对数值理解错了，最好直接把MMGBSA的输出贴出来。

ChaosChiao · 发表于 Post on 2015-1-15 16:53:29

sobereva 发表于 2015-1-15 16:43
在极性溶剂中，溶质的极性基团会令分子的溶剂化自由能更负（更容易溶解）。
我怀疑你对数值理解错了，最好 ...

ΔEvdw    -39.70 -35.29
ΔEele       -21.40 -21.18
ΔGGB             24.01    31.50
ΔGSA    -5.78       -5.33
ΔH          -42.87 -30.31
TΔS          -19.40 -17.67
左侧的分子是Diethylstilbestrol，右侧是 diarylpropionitrile，结构很类似，右侧的分子有氨基，左边的分子没有。都是结合在蛋白内部的空腔里，我的理解是亲水的氨基集团被蛋白内部疏水的空腔所排斥，不知道对不对？

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-15 17:07:43

你的数据完全正常。有氨基时，分子自身在水中能量更低（因为GGB更负，容易溶解），正因此，在结合后，ΔGGB才会变得比没有氨基时更正，即更不容易和蛋白质结合。

ΔGGB=GGB(复合物)-GGB(蛋白)-GGB(小分子)，所以GGB(小分子)越负，ΔGGB越正。

ChaosChiao · 发表于 Post on 2015-1-15 17:24:22

sobereva 发表于 2015-1-15 17:07
你的数据完全正常。有氨基时，分子自身在水中能量更低（因为GGB更负，容易溶解），正因此，在结合后，ΔGGB ...

我能不能理解为：更易溶于水的物质将不易于蛋白质结合吗？要解释的话怎么解释呢，因为这些物质更倾向与水结合？

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-15 17:58:04

水是极性环境，蛋白空腔通常是非极性环境。物质容易与水结合，相对地，就不容易与蛋白质结合（单从焓的角度来看，先不管熵效应）

ChaosChiao · 发表于 Post on 2015-1-15 18:43:44

sobereva 发表于 2015-1-15 17:58
水是极性环境，蛋白空腔通常是非极性环境。物质容易与水结合，相对地，就不容易与蛋白质结合（单从焓的角度 ...

明白了，非常感谢sob的解答。

therotyonth · 发表于 Post on 2015-3-13 10:22:52

学习了！

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