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[GROMACS] gromacs模拟离子液体粘度

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Level 4 (黑子)

各位老师好,我用gromacs跑完离子液体动力学后,想得到它的模拟粘度。用g_tcaf的命令得到了四个文件(tcaf_all.xvg, tcaf_fit.xvg, tcaf.xvg, visc_k.xvg)。但是做出来的图都不是精确的具体粘度数值。请老师们帮我看看是不是我做的图不对啊?而且这四个图感觉都不是粘度数据的图,麻烦老师指点一下,谢谢老师!

1497445008(1).jpg (51.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 43)

tcaf_all.xvg

tcaf_all.xvg

1497445039(1).jpg (12.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 57)

visc_k.xvg

visc_k.xvg

909b1aec427fa255a46dc7fae361949.png (26.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 77)

tcaf_fit.xvg

tcaf_fit.xvg

34e43fe74f6048871d35cf244ead6d5.png (22.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)

tcaf.xvg

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发表于 Post on 2017-6-17 01:10:38 | 只看该作者 Only view this author
离子液体计算粘度不太容易
之前我用green-kubo算过,还是有一点经验,但楼主 Transverse current acf 这个方法我没用过

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