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[GROMACS] freeze纳米管的情况下跑npt报lincs warning错误

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发表于 Post on 2020-4-19 11:01:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-19 00:45
涨落几百bar是非常正常的事情,你做模拟做多了就更清楚这点了。需要关注的是平均压力,不要管瞬时压力。 ...

感谢sob老师!
压力方面,学到了!
至于冻结同时加加速度,我和师弟做过在不同的体系里都用过,冻结的石墨平面都会运动。
最近我构建了一个类似注射器的系统,平行于z向的CNT,管口两侧有挡板,然后再在外边水库加平行于xy的石墨平面。我分别用两种方式驱动:
1.仅在x,y方向上冻结石墨平面,施加z向加速度。
2.完全冻结石墨平面,并施加z向加速度。
结果:
1.平面具有左右振动地运动,在驱动力和内部压强差不多的时候会原地震荡,如果管另一侧加一个更大的反向驱动,这个板会被推回去。所以我觉得这个系统是合理的,除了板会一定程度地变形,但是在另一个帖子已经请教过了,现在把键参数都提升了50倍,虽然确实还是不够漂亮,但是好多了。
2.平面不会振动,像一堵墙一样推动水。如果内部水压随压缩而升高,平面会原地不动。即使在管另一侧加一个反向的驱动,这块板也绝对不会后退。
附:对于前面两种方式,如果施加一样大小的加速度,且系统其它结构一样,方式2,也就是完全冻结的平面,运动速度会显著大于仅x,y冻结的平面。对于驱动力压强,我现在是这么衡量的,如果仅冻结xy,压强应该可以用m*a/S这样计算吧?但是对于完全冻结的平面,压强到底有多大,感觉不能用m*a/S计算了,而且现在看来,恐怕完全冻结还施加加速度根本就不可靠。
最后,想确认一下,平面仅冻结xy,施加z向加速度,的方式和压强大致计算应该没什么问题吧?

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