计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 15450|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[其它量化程序] Materials Studio 8.0计算过渡态任务失败

[复制链接 Copy URL]

30

帖子

0

威望

107

eV
积分
137

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 zhanghuize 于 2017-6-29 19:48 编辑

    我使用Materials Studio 8.0的Dmol3计算Ir(III)配合物T1和MC态之间的TS过渡态时,任务总是提上3、4个小时就显示任务失败,是不是因为我的MC态能量比T1态高,软件不支持,还是因为过渡态分子没有找对,还是由于我没有连接服务器由本机计算内存不够,哪位大神能有空帮忙解决一下,小生这里先行叩谢
以下是 DMol3 Run Status                 


Ir-PBE0-S0-1-30.pdb

7.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 10

MC态

Ir-PBE0-T1-1.pdb

7.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

T1态

Ir-PBE0-T1-1-Ir-PBE0-S0-1-30.xtd

26.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

TS态

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2017-6-29 21:29:32 | 只看该作者 Only view this author
失败得看输出信息里的具体报错

这和初态是否比末态能量高完全无关

找过渡态还是推荐用Gaussian来做,过渡态搜索是所有程序里做得最好的。何况Dmol3用杂化泛函速度很慢,也缺乏Multiwfn那样能做后处理的分析程序来帮助你讨论电子激发内在特征。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

30

帖子

0

威望

107

eV
积分
137

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-29 21:52:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-29 21:29
失败得看输出信息里的具体报错

这和初态是否比末态能量高完全无关

老师,之前我也用了高斯,但怎么都算不出来,显示的虚频只有十几,IRC扫描不出来,所以无奈下采用了这种方法,这是我的输入文件和输出文件,还请老师看一下,麻烦您了。

Ir-PBE0-T1-3-10-Ir-PBE0-MC-3-35.outmol

446.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 8

输出文件

Ir-PBE0-T1-3-10-Ir-PBE0-MC-3-35.input

944 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 10

输出文件

Ir-PBE0-T1-3-10-Ir-PBE0-MC-3-35.xtd

32.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

输入 文件

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2017-6-30 04:57:14 | 只看该作者 Only view this author
zhanghuize 发表于 2017-6-29 21:52
老师,之前我也用了高斯,但怎么都算不出来,显示的虚频只有十几,IRC扫描不出来,所以无奈下采用了这种 ...


高斯弄不出来换dmol3更是白费功夫
不断调整初猜尝试,如果自己没经验初猜摆不好,用QST2
虚频十几明显是没找到真正对应的过渡态,走IRC完全是白走
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

30

帖子

0

威望

107

eV
积分
137

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-30 15:29:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-30 04:57
高斯弄不出来换dmol3更是白费功夫
不断调整初猜尝试,如果自己没经验初猜摆不好,用QST2
虚频十几明 ...

老师,根据你的推荐,我用高斯计算,把出猜的过度态结构使用QST2优化,参照前人的输入模板,可是任务提不上去,不知是哪里出现了问题,老师您有空帮我看一下,麻烦您了

Ir-PBE0-QST2-D-1-30-8.gjf

5.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 11

初猜结构输入文件

Ir-PBE0-QST2-D-1-30-8.log

8.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

输出文件

83

帖子

0

威望

635

eV
积分
718

Level 4 (黑子)

6#
发表于 Post on 2017-6-30 20:49:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-30 04:57
高斯弄不出来换dmol3更是白费功夫
不断调整初猜尝试,如果自己没经验初猜摆不好,用QST2
虚频十几明 ...

崇拜社长一塌糊涂,还是这么流弊,还是这么耐心!!

83

帖子

0

威望

635

eV
积分
718

Level 4 (黑子)

7#
发表于 Post on 2017-6-30 20:49:57 | 只看该作者 Only view this author
zhanghuize 发表于 2017-6-30 15:29
老师,根据你的推荐,我用高斯计算,把出猜的过度态结构使用QST2优化,参照前人的输入模板,可是任务提不 ...

社长,只是给你指明方向,具体的怎么做还需要自己摸索啊

30

帖子

0

威望

107

eV
积分
137

Level 2 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-30 21:08:56 | 只看该作者 Only view this author
hopedream 发表于 2017-6-30 20:49
社长,只是给你指明方向,具体的怎么做还需要自己摸索啊

你好,那你知道有没有QST2教程之类的

93

帖子

0

威望

5416

eV
积分
5509

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2017-6-30 21:33:14 | 只看该作者 Only view this author
你这输入文件 写了genecp,又不去定义 还有就是建议去手册看看QST2是什么
树欲静而风不止

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2017-7-1 00:58:39 | 只看该作者 Only view this author
zhanghuize 发表于 2017-6-30 21:08
你好,那你知道有没有QST2教程之类的


搞清楚QST2的基本原理再去用。QST2要给反应物和产物结构,你就给了一个结构显然不行
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44

QST2的例子在exploring书里有(基础班培训里也会讲很多,不过已经满了)
QST2通常用gview来构建输入文件。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 05:30 , Processed in 0.271585 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list