Gaussian里的clean功能大家到底用不用

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-8 17:57:56

kyuu 发表于 2017-7-8 17:51
我最近对高斯做1D PBC比较感兴趣，用聚乙烯在09上试了一下，l9999错误，
#p opt freq HSEh1pbe/6-31g*/a ...

看具体报错，如果是结合优化发生震荡、没收敛，看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

做PBC绝不是非得用纯泛函。
杂化泛函比纯泛函能得到更好的结果，但是太昂贵。HSE06性能能达到杂化泛函当中较好的水准，又由于它是范围分离泛函，对于基于高斯函数的PBC计算来说耗时在全局杂化泛函和纯泛函之间。所以如果能承受比纯泛函更高的计算耗时，是很推荐用HSE06的
不过只有纯泛函才能靠密度拟合加速计算，但高斯在密度拟合这方面搞得不怎么样，用了密度拟合甚至有时候耗时不降反升。

kyuu · 发表于 Post on 2017-7-9 12:19:27

本帖最后由 kyuu 于 2017-7-9 13:50 编辑

sobereva 发表于 2017-7-8 17:57
看具体报错，如果是结合优化发生震荡、没收敛，看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http:/ ...

几何优化收敛四个No，加了calcall后，l1110 error，NB too large for integers on this machine，可能是内存不够大？设的10G。
高斯也知道自己搞的不好，找了个组搞机器学习做最优拟合, 有钱任性随便作

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-9 18:47:40

kyuu 发表于 2017-7-9 12:19
几何优化收敛四个No，加了calcall后，l1110 error，NB too large for integers on this machine，可能是 ...

和内存没关系。没更充分信息没法说
高斯的几何优化是几乎所有程序里最好的

fortinbras · 发表于 Post on 2017-7-11 17:26:27

sobereva 发表于 2017-7-7 12:41
clean主要是方便，实际上，明显更好的做法是在gview上建立一个UFF优化的快捷scheme，这样建好结构一按闪 ...

sob老师您好，我想请问一下，如何建这样的快捷键呢？谢谢~

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-11 21:50:34

fortinbras 发表于 2017-7-11 17:26
sob老师您好，我想请问一下，如何建这样的快捷键呢？谢谢~

fortinbras · 发表于 Post on 2017-7-12 10:01:47

sobereva 发表于 2017-7-11 21:50

谢谢老师~~

非柳暗花明 · 发表于 Post on 2017-9-3 15:50:04

本帖最后由非柳暗花明于 2017-9-3 15:52 编辑

冰释之川发表于 2017-7-7 18:47
话说，我这边结构都是Chem3D里用MM2或者MMFF预优化的，不知道与UFF比是不是差不多？

请问Chem3D里用MM2或者MMFF预优化后，输出文件什么格式能再用高斯计算？与Spartan Wavefunction 的MMFF预优化一样么？麻烦了

kyuu · 发表于 Post on 2017-9-3 17:49:02

非柳暗花明发表于 2017-9-3 15:50
请问Chem3D里用MM2或者MMFF预优化后，输出文件什么格式能再用高斯计算？与Spartan Wavefunction 的M ...

Save as里文件格式选Gaussian(.gjf) 另计算也可以走Chem3D里的Gaussian接口

冰释之川 · 发表于 Post on 2017-9-4 08:54:28

非柳暗花明发表于 2017-9-3 15:50
请问Chem3D里用MM2或者MMFF预优化后，输出文件什么格式能再用高斯计算？与Spartan Wavefunction 的M ...

输出直接选择*.gjf格式呀

非柳暗花明 · 发表于 Post on 2017-9-4 21:08:24

冰释之川发表于 2017-9-4 08:54
输出直接选择*.gjf格式呀

谢谢

非柳暗花明 · 发表于 Post on 2017-9-4 21:08:35

kyuu 发表于 2017-9-3 17:49
Save as里文件格式选Gaussian(.gjf) 另计算也可以走Chem3D里的Gaussian接口

谢谢

JYM· · 发表于 Post on 2019-9-28 15:30:58

sobereva 发表于 2017-7-11 21:50

sob老师您好，请问一下 UFF opt 就是用 PM6 进行预优化吗？也就是跟找过渡态可以先用便宜的基组算一下是一个道理吗？谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-29 02:35:20

JYM· 发表于 2019-9-28 15:30
sob老师您好，请问一下 UFF opt 就是用 PM6 进行预优化吗？也就是跟找过渡态可以先用便宜的基组算一下是 ...

显然不是
UFF对应的是UFF力场

Accelerator · 发表于 Post on 2019-9-29 12:12:32

从来不用Chem3D
clean非常方便少数几个缺点就是对于大体系可能会卡很久以及有些时候会陷入奇怪的构象（再手动调一调再clean就行了）
虚线键往往clean出来会太长此时手动拉一拉是有好处的不过找过渡态都是先冻结一两个自由度做限制性优化拉不拉区别不大

JYM· · 发表于 Post on 2019-9-29 23:11:01

sobereva 发表于 2019-9-29 02:35
显然不是
UFF对应的是UFF力场

谢谢sob老师！那UFF优化的快捷键scheme具体要怎么设置呢？是把 keywords 写成 UFF opt 就可以了吗？谢谢老师！

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