关于模拟过程中水盒子跑散的问题

potions · 发表于 Post on 2017-7-11 22:18:32

请教各位MD的大神：
我用AMBER跑了一个含水的md，用的tip3p水模型。跑的过程设置了周期性边界条件，但是最后发现盒子还是跑散了。。。
还请大神指点迷津，谢谢！

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-7-11 23:31:21

第一步和第二步MD是什么意思？

第二步MD没有设置iwrap=1？

agent99 · 发表于 Post on 2017-7-12 00:42:05

你的图片里显示的是第二步MD的轨迹？如楼上所说，如果第二步没有设iwrap=1的话，输出的轨迹就是这样，但其实是有PBC的，你再wrap一下就行（VMD, cpptraj都行）

potions · 发表于 Post on 2017-7-12 10:05:35

agent99 发表于 2017-7-12 00:42
你的图片里显示的是第二步MD的轨迹？如楼上所说，如果第二步没有设iwrap=1的话，输出的轨迹就是这样，但其 ...

原来如此，谢谢指点~

potions · 发表于 Post on 2017-7-12 10:06:18

fhh2626 发表于 2017-7-11 23:31
第一步和第二步MD是什么意思？

第二步MD没有设置iwrap=1？

是的，谢谢指点~

冷血 · 发表于 Post on 2020-12-23 19:35:15

agent99 发表于 2017-7-12 00:42
你的图片里显示的是第二步MD的轨迹？如楼上所说，如果第二步没有设iwrap=1的话，输出的轨迹就是这样，但其 ...

你好，我也遇到这样问题(水盒子散了)，我应该如何处理轨迹呢？看手册cpptraj里好像没这一选项呀。

冷血 · 发表于 Post on 2020-12-24 11:30:39

冷血发表于 2020-12-23 19:35
你好，我也遇到这样问题(水盒子散了)，我应该如何处理轨迹呢？看手册cpptraj里好像没这一选项呀。

不好意思，打扰了，已经解决了，对轨迹进行适当的处理就可以，center和image

fitterluo · 发表于 Post on 2022-7-13 16:50:42

冷血发表于 2020-12-24 11:30
不好意思，打扰了，已经解决了，对轨迹进行适当的处理就可以，center和image

您好，您的意思是VMD可以修改这个轨迹的样子吗？我也出现水盒子跑散了的情况，望答复

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-14 12:31:24

fitterluo 发表于 2022-7-13 16:50
您好，您的意思是VMD可以修改这个轨迹的样子吗？我也出现水盒子跑散了的情况，望答复

在vmd的命令行里输入pbc wrap

llh · 发表于 Post on 2022-7-20 21:02:19

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-14 12:31
在vmd的命令行里输入pbc wrap

我也出现了这个问题，请问用cpptraj怎么做呢？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-21 10:26:33

llh 发表于 2022-7-20 21:02
我也出现了这个问题，请问用cpptraj怎么做呢？

center :1-100
image center familiar
这样可以让1-100号残基在盒子中间，其他原子尽量在1-100号残基附近

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