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楼主 Author: sobereva
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[Gaussian/gview] Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法

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发表于 Post on 2017-9-12 18:53:21 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2017-9-21 10:47:38 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问输入文件的关键词为:# opt freq b3lyp/cc-pvdz empiricaldispersion=gd3bj,log文件最后满足4个YES,但是用gview打开log文件,却发现有一个虚频,其大小为-9.01,请问这样是否可以接受?

BIm-3-2NH3.gjf

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BIm-3-2NH3.log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-21 12:03:34 | 只看该作者 Only view this author
whtu 发表于 2017-9-21 10:47
sob老师,请问输入文件的关键词为:# opt freq b3lyp/cc-pvdz empiricaldispersion=gd3bj,log文件最后满足 ...

虽然不一定对你要研究的问题有什么明显不良影响,但还是应当消掉虚频,省得被审稿人吐槽之类。

PS:上传较大文件前请先压缩以节约论坛空间
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发表于 Post on 2017-9-21 13:59:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师,您好。请教一下,我用DMol3来作反应机理的时候,由于是周期性模型,偶尔会有一些小的虚频,实在消不掉,我一般把虚频小于40以下的全部忽律了,不知道这样可不可以。
越努力越幸运!

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发表于 Post on 2017-9-21 14:10:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-21 12:03
虽然不一定对你要研究的问题有什么明显不良影响,但还是应当消掉虚频,省得被审稿人吐槽之类。

PS:上 ...

好的。谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-21 18:40:42 | 只看该作者 Only view this author
xylz6188 发表于 2017-9-21 13:59
sobereva老师,您好。请教一下,我用DMol3来作反应机理的时候,由于是周期性模型,偶尔会有一些小的虚频, ...

最好都消掉,否则被问到,不好解释
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发表于 Post on 2017-9-21 19:58:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-21 18:40
最好都消掉,否则被问到,不好解释

各种方法都用了,就是消不掉,MS做过渡态确实有很多问题
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发表于 Post on 2017-9-22 10:08:25 | 只看该作者 Only view this author
刚好解决问题 谢谢sob老师

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发表于 Post on 2017-9-22 10:23:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-6 02:17
只要比较相互的能量、求差值,积分格点必须完全一致,int=ultrafine要加就都加。

其它分子倒不一定 ...

请问sob老师,A和B两分子,A在默认情况下几何收敛,B在opt=tight int=ultrafine或calcall下才收敛,随后它们在相同条件下计算单点能,算出来的单点能有可比性吗?还是A必须和B在相同条件下重新几何优化?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-22 15:50:37 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2017-9-22 10:23
请问sob老师,A和B两分子,A在默认情况下几何收敛,B在opt=tight int=ultrafine或calcall下才收敛,随后 ...


两个结构的精度一般不会差多少,可忽略不计(但也有反例)。计算单点能时只需确保积分格点相同即可
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发表于 Post on 2020-12-16 22:12:59 | 只看该作者 Only view this author
请问如果用orca计算出现虚频是不是就不能用第二种方法了?用B3LYPD3BJ/def2SVP算的上百原子的有机分子,出现2-3个虚频,应该opt时就采取严格收敛方式,还是,像http://bbs.keinsci.com/thread-2139-1-1.html评论中说的,改变原子坐标呢(这个原子振动坐标怎么加其实没看懂,在原坐标的基础上,根据振动频率加吗)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-17 09:31:40 | 只看该作者 Only view this author
li447fan 发表于 2020-12-16 22:12
请问如果用orca计算出现虚频是不是就不能用第二种方法了?用B3LYPD3BJ/def2SVP算的上百原子的有机分子,出 ...

不管什么程序,处理思想都大同小异,ORCA没有特殊性。
帖子里说了,通常只有破坏对称性的虚频才需要考虑按照虚频模式调节结构(原坐标加上正则坐标乘上人为指定的系数)
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发表于 Post on 2020-12-18 10:36:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-17 09:31
不管什么程序,处理思想都大同小异,ORCA没有特殊性。
帖子里说了,通常只有破坏对称性的虚频才需要考虑 ...

如果用了tightopt,tightSCF,Grid5,依然有两处较小的虚频,应该继续使用更严格的verytight吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-19 09:22:12 | 只看该作者 Only view this author
li447fan 发表于 2020-12-18 10:36
如果用了tightopt,tightSCF,Grid5,依然有两处较小的虚频,应该继续使用更严格的verytight吗

Grid6
如果用了RIJCOSX,也用gridx6
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发表于 Post on 2020-12-21 00:30:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-19 09:22
Grid6
如果用了RIJCOSX,也用gridx6

社长,用了gridx6计算后,虚频反而比之前误用grid5更严重了,发现opt结束时不是全yes,是有一个no的,只是最后normal结束的。是不是应该重新更好地优化结构呢?还是绝对值小于10的虚频就不管了呢

本版积分规则 Credits rule

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