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[MRCC/CFOUR] 用MRCC软件对一些耦合簇方法的测试

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MRCC是由匈牙利布达佩斯大学开发的主攻高精度量化计算的软件包,其亮点在于可用于任意阶耦合簇(包括其各种微扰近似)和组态相互作用,并有对应的解析梯度。

笔者将对该软件的耦合簇功能进行试用。限于笔者的电脑的计算力(Xeon E5 2696V3),CC只算到三阶;引入微扰近似后只算到四阶,即最高计算水平为CCSDT(Q).
使用水分子和羟基负离子用于测试,结构在M06-2X/def2-TZVP下优化得到。
MRCC程序的输入文件和操作流程都比较独特。输入文件在提交计算时必须改名成MINP(必须大写)才可计算,对应的命令为dmrcc > xxx (xxx为输出文件的名称)
输入文件格式如下图:
CC(3)(4)对应CCSDT(Q)。这样计算同时会输出CCSDT[Q]的结果。
虽然官方手册上写并行计算需要使用MPI并有一些特殊操作,但亲测提交任务后自动并行占满全部CPU.
用aug-cc-pVTZ基组,测试了水分子和羟基负离子在HF, CCS(D), CCSD, CCSD(T), CCSD[T], CCSDT, CCSDT(Q), CCSDT[Q]下的能量(CCSDTQ或更高阶的耗时已经不可接受)。
输出文件是这个画风:
然后是相关能,以CCSDT(Q)结果作为标准:
低于三阶的耦合簇误差都相当大,而CCSD(T)的结果和CCSDT相当甚至更好。进一步加到四阶后并没有显著改进。
同时还把MRCC的CCSD(T)结果与Gaussian相同条件下的结果进行了对比,几乎相同(区别在于输出值的最后两位)。
这是MRCC程序实现的不同方法的CPU时间比较。可以看到引入第n阶的微扰近似后耗时与无近似的(n-1)阶CC相同,而精度几乎没有损失。
同时还检查了羟基负离子结合质子生成水的气相反应能(只考虑电子能量),仍然以CCSDT(Q)结果为基准:
其中DFT方法用Gaussian实现。M06-2X在相同基组下表现相当好。由于这个反应涉及阴离子,因此M06-2X/def2-TZVP表现不太好也是可以理解的;尽管如此,误差这么大甚至差于HF还是令人意外。
同时还做了一个测试,把构型优化水平改到B3LYP/6-31G*,以刚才M06-2X/def2-TZVP构型得到的CCSDT(Q)反应热为标准,观察各种CC和DFT水平算出的结果的误差。
CCSD(T)和CCSDT(Q)的结果和之前几乎相同,而之前表现较好的M06-2X/aug-cc-pVTZ的误差则大得惊人。令人惊讶的是此时采用较小的基组的DFT水平(如B3LYP/6-311+G**)反而误差较小。这从一定程度上说明对于低水平的构型优化,单点能计算可能未必水平越高越好,而是存在微妙的误差抵消现象。
最后比较一下MRCC和Gaussian的运行效率。全部采用36核心(18物理+18超线程)时,水分子的CCSD(T)单点,MRCC总CPU时间高达28.7min, 而Gaussian仅仅3min左右。说明MRCC程序其实在性能上并没有任何优势。
最后,由于本文中只测试了一个体系,因此对诸多方法精度等的测试很难说有普遍意义,需要谨慎采信。

ps 本文最早发在微信公众号“清化科协”上(微信号:THUchemST),我作为作者转到了这里,同时也希望宣传一下这个公众号←_←

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发表于 Post on 2017-7-22 09:15:05 | 只看该作者 Only view this author
CCSDT和CCSDT(Q)可以用cfour 2.0做。人写的代码比计算机产生的代码效率高

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发表于 Post on 2017-7-22 09:15:33 | 只看该作者 Only view this author
附带宣传一下网址 https://thuchemst.github.io/

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发表于 Post on 2017-7-22 09:27:21 | 只看该作者 Only view this author
MRCC能做极化率和超极化率计算吗?

另外能把安装的过程写一点吗?

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发表于 Post on 2017-7-22 09:36:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-7-22 09:38 编辑

CCSD(T)耗时比CCSD低?另外DFT的绝对能量和post-HF的绝对能量比较、看DFT的准确程度好像是错误的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-22 09:40:51 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2017-7-22 09:36
CCSD(T)耗时比CCSD低?另外DFT的绝对能量和post-HF的绝对能量比较、看DFT的准确程度好像是错误的?

并没有把DFT的绝对能量和CC相比,带有DFT的比较的是反应热

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-22 09:47:22 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2017-7-22 09:27
MRCC能做极化率和超极化率计算吗?

另外能把安装的过程写一点吗?

按照手册上的说法,本身不能算,需要对接其他程序。
安装过程即按照手册描述,解压源代码后build.mrcc Intel -pMPI

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-22 09:51:27 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2017-7-22 09:36
CCSD(T)耗时比CCSD低?另外DFT的绝对能量和post-HF的绝对能量比较、看DFT的准确程度好像是错误的?

检查了一下,CCSD耗时较高是因为在这个例子中CCSD没有修改默认内存(默认是256MB,其他例子都改到了24GB);而修改内存到24GB后CCSD耗时和CCSD(T)基本相同

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发表于 Post on 2017-7-22 10:26:27 | 只看该作者 Only view this author
beefly 发表于 2017-7-22 09:15
CCSDT和CCSDT(Q)可以用cfour 2.0做。人写的代码比计算机产生的代码效率高


你说的2.0是非公开版本么?
用公开版本,写CALC=CCSDT(Q)时候发现结果和CCSD一样。貌似公开版本最高就能算到CCSDT
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发表于 Post on 2017-7-22 10:27:36 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2017-7-22 09:27
MRCC能做极化率和超极化率计算吗?

另外能把安装的过程写一点吗?

如果是指解析极化率和超极化率,目前看来还是高斯支持得最好。如果是算数值解,可以自己编程处理数据。(娃娃不是在学fortran么,可以试着自己写批处和计算脚本,而差分公式都是现成的)
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发表于 Post on 2017-7-22 11:10:46 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2017-7-22 09:47
按照手册上的说法,本身不能算,需要对接其他程序。
安装过程即按照手册描述,解压源代码后build.mrcc I ...

好,我更喜欢gfortran

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发表于 Post on 2017-7-22 11:11:11 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2017-7-22 10:27
如果是指解析极化率和超极化率,目前看来还是高斯支持得最好。如果是算数值解,可以自己编程处理数 ...

好,我还是等待ORCA输出更多的跃迁系数吧

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发表于 Post on 2017-7-22 11:31:30 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2017-7-22 10:27
如果是指解析极化率和超极化率,目前看来还是高斯支持得最好。如果是算数值解,可以自己编程处理数 ...

但是不支持耦合簇级别。CFOUR能做到CC3级别的动态极化率,NWChem甚至支持CCSDTQ级别的极化率
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发表于 Post on 2017-7-22 15:42:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-22 10:26
你说的2.0是非公开版本么?
用公开版本,写CALC=CCSDT(Q)时候发现结果和CCSD一样。貌似公开版本最高就 ...

CFOUR貌似在今年秋天之前发布新版本
A new release of CFOUR should happen no later than autumn 2017

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发表于 Post on 2017-7-22 17:32:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-22 10:26
你说的2.0是非公开版本么?
用公开版本,写CALC=CCSDT(Q)时候发现结果和CCSD一样。貌似公开版本最高就 ...

需要设定CC模块:CC_PROGRAM=NCC
现在只能算闭壳层单点能
http://slater.chemie.uni-mainz.d ... hp?n=CFOURV2.00beta

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