amber .top 製作問題

xroxzero · 发表于 Post on 2017-8-10 10:51:22

各位老師好

我的amber版本是amber14 & ambertool15
我用tleap 將 .mol2 轉換成 .top時，跳出以下訊息
For atom: .R<DT42 266>.A<N1 13> Could not find vdW (or other) parameters for type: N.am
For atom: .R<DT42 266>.A<C6 14> Could not find vdW (or other) parameters for type: C.2
For atom: .R<DT42 266>.A<C2 16> Could not find vdW (or other) parameters for type: C.2
For atom: .R<DT42 266>.A<O2 17> Could not find vdW (or other) parameters for type: O.2

這我該怎麼解決呢??

附檔為我的tleap.in檔

感謝各位老師幫忙!!

ikphen · 发表于 Post on 2017-8-10 16:56:25

缺少参数？antechamber生成frcmod文件试试..

abdoman · 发表于 Post on 2017-8-15 08:19:57

感觉不对吧。
1 应该是mol2 用antechber 转成perpi/perpc 文件
2 用parmchk 检查perpc文件是否缺省参数，缺省的保存在frcmod文件中
3 用xleap或tleap 读取1与2中的参数文件，加水箱，平衡电荷，存成top文件。

xroxzero · 发表于 Post on 2017-8-18 01:58:35

感謝各位老師幫忙問題已經解決了!!!

疯狂的鬼马 · 发表于 Post on 2021-8-13 21:42:01

请问楼主怎么解决的呀我也出现了这个问题我有frcmod文件但是上传之后还是会出现这个问题

llh · 发表于 Post on 2023-8-28 10:34:20

疯狂的鬼马发表于 2021-8-13 21:42
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

你好，请问您是如何解决的呀

llh · 发表于 Post on 2023-8-28 10:42:18

llh 发表于 2023-8-28 10:34
你好，请问您是如何解决的呀

回复自己：是因为未加gaff力场

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[Amber] amber .top 製作問題

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