甲醇水混合液中分子的平均成氢键度

Scarlett1 · 发表于 Post on 2017-8-11 21:08:24

请问大家，做甲醇和水的混合溶液时，想算甲醇和水的平均成氢键个数，关于VMD中几何标准的选取问题，查阅了很多资料，

gromacs用的α，VMD用的β，这两个角度之间并没有一个绝对的换算，请问大家，我可不可以在甲醇和水之间选择一种判断标准，比如，都选择3.5A，和35°呢，我还在一些文献上看到有算水的氢键时用到β等于60度，不知道和不合理呢，或者我可以选择很多个判断标准，放在附件中，烦请大家指导

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-8-12 00:28:44

我认为用β（或者说180-β）更合适，毕竟是“氢”键，除非有其他的统计证据，氢键的键角以H为中心更加自然。

sobereva · 发表于 Post on 2017-8-12 01:26:08

Scarlett1 · 发表于 Post on 2017-8-12 16:13:25

liyuanhe211 发表于 2017-8-12 00:28
我认为用β（或者说180-β）更合适，毕竟是“氢”键，除非有其他的统计证据，氢键的键角以H为中心更加自然 ...

你好，谢谢您的回答，那您觉得我的甲醇和水都选用一个标准可以吗？

Scarlett1 · 发表于 Post on 2017-8-12 16:13:37

sobereva 发表于 2017-8-12 01:26

谢谢老师

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[NAMD] 甲醇水混合液中分子的平均成氢键度