求gamess能量分解输入文件的格式

小菜鸟求关照

求gamess能量分解输入文件的格式？这个输入文件怎么写呢 ？谢谢老师啦，有没有这方面专门的帖子呢？

sobereva

以前随手写的：

!-----LMOEDA能量分解例子，用6-31+G*。必须写nosym=1。用了MP、CC、DFT才有色散能。如果mplevl=2则有MP2色散能。如果写cctyp=CCSD(T)则既有MP2色散能也有CCSD(T)色散能，但此时会很耗内存，若内存不够应当减少线程数。MP2/CCSD(T)色散能是来自于它们计算的总相互作用能与HF总相互作用能的差值。如果用了DFT，则输出的色散能是复合物的相关能减去各个单体孤立状态下的相关能，这里说的相关能是交换相关泛函中的相关泛函对应的能量。
  LMOEDA给出的是：静电能（负值）+交换能（负值）+互斥能（正值）+极化能（负值）+色散能（负值）。LMOEDA普适性比Morokuma广得多，可以用于多重态、可以分裂化学键、可以结合DFT以及R/U/RO。考虑相对论只能结合赝势而不能DK。
  matom输入一串数，指定体系中哪些原子是那些片段，比如下例前三个原子是第一个片段，后4个是第二个片段。最多能指定十个。mcharge指定各个片段的电荷。mmult指定各个片段的自旋多重度，负值代表beta。默认是SUPBAS=.t.，即用counterpoise考虑BSSE，如果是.f.则输出只有"OWN BASIS SET"内容。
Morokuma形式的EDA只支持RHF闭壳层。在$morokm里定义内容。iatm和ICHM定义片段和每个片段的电荷。
Morokuma可以将相互作用能分解为：静电（负值）+交换（正值）+极化（负值）+电荷转移（负值）+混合（负值）

$contrl scftyp=rhf runtyp=eda coord=zmt nosym=1 cctyp=CCSD(T) $end
$system mwords=80 $end
$basis gbasis=n31 ngauss=6 ndfunc=1 DIFFSP=.t. $end
x$morokm iatm(1)=3 $end
$lmoeda matom(1)=3,4 mcharg(1)=0,0 mmult(1)=1,1 $end
$data
water-ammonia dimer...6-31+G* basis set
Cs

H
O 1 rOH
H 2 rOH 1 aHOH
N 2  R  1 aHOH    3    0.0
H 4 rNH 3 aHNaxis 1  180.0
H 4 rNH 3 aHNaxis 5 +120.0
H 4 rNH 3 aHNaxis 5 -120.0

rOH=0.956
aHOH=105.2
rNH=1.0124
aHNaxis=112.1451  ! makes HNH=106.67
R=2.93
$end



!-----LMOEDA能量分解例子，basnam混合基组+笛卡尔坐标
$contrl scftyp=rhf runtyp=eda cctyp=CCSD(T) ispher=1 $end
$system mwords=800 $end
$basis basnam(1)=H,Heavy,H,Heavy,H,H,H $end
$lmoeda matom(1)=3,4 mcharg(1)=0,0 mmult(1)=1,1 $end
$data
water-ammonia dimer
C1
H   1.0               0.00000000    0.00000000    0.00000000
O   8.0               0.00000000    0.00000000    0.95600000
H   1.0               0.92255577    0.00000000    1.20665285
N   7.0               2.82749833    0.00000000    1.72421429
H   1.0               2.94991596    0.00000000    2.72918578
H   1.0               3.31870502   -0.81208716    1.37181652
H   1.0               3.31870502    0.81208716    1.37181652
$end

$H
CCD

$end
$Heavy
ACCD

$end

小菜鸟求关照

sobereva 发表于 2015-1-20 19:18
以前随手写的：

!-----LMOEDA能量分解例子，用6-31+G*。必须写nosym=1。用了MP、CC、DFT才有色散能。如 ...

嗯呢 谢谢老师！

小菜鸟求关照

sobereva 发表于 2015-1-20 19:18
以前随手写的：

!-----LMOEDA能量分解例子，用6-31+G*。必须写nosym=1。用了MP、CC、DFT才有色散能。如 ...

（1）用6-31+G*。必须写nosym=1   这点是为什么呢？
（2）在默认情况下默认是SUPBAS=.t.，即用counterpoise考虑BSSE，意思是DIFFSP=.t这里一般不需要改吗？
（3）mmult指定各个片段的自旋多重度，负值代表beta这句话是什么意思呢？自旋多重度有负值吗？
（4）一般需要改的是这几个地方，nosym=1 cctyp=CCSD(T)       matom(1)=3,4 mcharg(1)=0,0 mmult(1)=1,1     $data部分 别的不需要修改吗？
问题有点多，谢谢老师!

sobereva

1 忘了，反正写了准没错
2 这和用不用弥散函数没直接关系。
3 对共价键相连的两个片段之间进行能量分解分析，那么一方的单电子是alpha，另一方是beta，虽然自旋多重度都是2，但是得写成一正一负。
4 基组也经常根据实际情况修改

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sobereva 发表于 2015-1-20 21:25
1 忘了，反正写了准没错
2 这和用不用弥散函数没直接关系。
3 对共价键相连的两个片段之间进行能量分解分 ...

谢谢老师

brothers

sobereva 发表于 2015-1-20 19:18
以前随手写的：

!-----LMOEDA能量分解例子，用6-31+G*。必须写nosym=1。用了MP、CC、DFT才有色散能。如 ...

请问sobereva ，我在你上述提供的输入文件基础上，新填入dfttyp=b3lyp（或其他DFT泛函方法），结果计算结果出现很多NaN。（请看附图的最后一行）D:\无标题.jpg， 不知道是为什么？
在gamess提供的能量分解例题中也碰到这种情况，用mplevl=2可以进行mp2的能量分解，但是用dfttyp=b3lyp就会NaN。
那么请问是不是需要其他参数来控制DFT水平的能量分解呢？switch、soscf，swoff等关键字我也试了一下，都没什么起色。

附上最开始出现NaN的部分

        DENSITY MATRIX CONVERGENCE THRESHOLD=  1.00E-05
     COARSE -> FINE DFT GRID SWITCH THRESHOLD=  3.00E-04 (SWITCH IN $DFT)
                   HF -> DFT SWITCH THRESHOLD=  5.00E-03 (SWOFF IN $DFT)
     MEMORY REQUIRED FOR RHF ITERS=    303447 WORDS.
DFT IS SWITCHED OFF, PERFORMING PURE SCF UNTIL SWOFF THRESHOLD IS REACHED.

ITER EX DEM     TOTAL ENERGY        E CHANGE  DENSITY CHANGE    DIIS ERROR
          * * *   INITIATING DIIS PROCEDURE   * * *
   1  0  0      -56.0010149252   -56.0010149252   0.201191300   0.471902026
   2  1  0      -56.1766838888    -0.1756689637   0.086685749   0.045577797
   3  2  0      -56.1887253471    -0.0120414583   0.023893084   0.015751971
   4  3  0      -56.1902678935    -0.0015425464   0.016210481   0.009238234
   5  4  0      -56.1904867841    -0.0002188906   0.003782533   0.002451094
CONVERGED TO SWOFF, SO DFT CALCULATION IS NOW SWITCHED ON.
          * * *   INITIATING DIIS PROCEDURE   * * *
   6  5  0                 NaN              NaN   0.000000000           NaN
   7  6  0                 NaN              NaN   0.000000000           NaN

小菜鸟求关照

sobereva 发表于 2015-1-20 19:18
以前随手写的：

!-----LMOEDA能量分解例子，用6-31+G*。必须写nosym=1。用了MP、CC、DFT才有色散能。如 ...

1.对于hxf...hf，x为原子序数较大的原子，用到赝势基组LMOEDA能量分解例子如下：
$contrl scftyp=rhf runtyp=eda cctyp=CCSD(T) ispher=1 $end
$system mwords=800 $end
$basis basnam(1)=H,Heavy,H,Heavy,H,H,H $end
$lmoeda matom(1)=3,2 mcharg(1)=0,0 mmult(1)=1,1 $end
$data
hxf...hf dimer
坐标部分
$end

$h f
CCD

$end
$x
$DATA
X
S   6
  1   2058.3200000              0.0009380        
  2    307.4270000              0.0044200        
  3     15.7815000              0.3543950        
  4      9.5447000             -0.8885140        
  5      2.2296900              0.9496240        
  6      1.1120000              0.3810660        
S   6
  1   2058.3200000             -0.0004380        
  2    307.4270000             -0.0022770        
  3     15.7815000             -0.1557960        
  4      9.5447000              0.4175780        
  5      2.2296900             -0.6793250        
  6      1.1120000             -0.3183090        
S   1
  1      0.3554300              1.0000000        
S   1
  1      0.1377260              1.0000000        
S   1
  1      0.0473000              1.0000000        
P   5
  1     20.1725000              0.0687400        
  2     11.8122000             -0.2446140        
  3      2.9346000              0.6676480        
  4      1.3189000              0.4501800        
  5      0.3858160              0.0286890        
P   5
  1     20.1725000             -0.0229670        
  2     11.8122000              0.0881150        
  3      2.9346000             -0.3233110        
  4      1.3189000             -0.1542280        
  5      0.3858160              0.6228820        
P   1
  1      0.1269610              1.0000000        
P   1
  1      0.0379000              1.0000000        
D   5
  1     52.6666000              0.0048070        
  2     14.3464000             -0.0045170        
  3      4.8159700              0.3015100        
  4      2.2149600              0.5120370        
  5      0.9611280              0.2990900        
D   1
  1      0.3412000              1.0000000        
D   1
  1      0.1404000              1.0000000        
$END

$ECP
  X-ECP GEN     28     4
  1      ----- g-ul potential     -----
      0.0000000        2      1.0000000        
  3      ----- s-ul potential     -----
     49.9979620        2     40.0051840        
    281.0133030        2     17.8122140        
     61.5382550        2      9.3041500        
  4      ----- p-ul potential     -----
     67.4391420        2     15.7017720        
    134.8747110        2     15.2586080        
     14.6633000        2      9.2921840        
     29.3547300        2      8.5590030        
  6      ----- d-ul potential     -----
     35.4369080        2     15.1856000        
     53.1957720        2     14.2845000        
      9.0462320        2      7.1218890        
     13.2236810        2      6.9919630        
      0.0848530        2      0.6239460        
      0.0441550        2      0.6472840        
  4      ----- f-ul potential     -----
    -23.0892950        2     20.8815570        
    -30.0744750        2     20.7834430        
     -0.2882270        2      5.2533890        
     -0.3869240        2      5.3611880        
$END

$end
这样写正确吗？
2.$basis basnam(1)=H,Heavy,H,Heavy,H,H,H $end这行的命令是什么意思呢？

谢谢老师！

sobereva

不能这么写。
basnam(1)=H,Heavy,H,Heavy,H,H,H 这个的意思是给这7个原子分成H和Heavy这两组，然后分别通过$H ... $END和$Heavy ... $END来定义这两组里的原子分别用什么基组。

小菜鸟求关照

sobereva 发表于 2015-2-2 11:24
不能这么写。
basnam(1)=H,Heavy,H,Heavy,H,H,H 这个的意思是给这7个原子分成H和Heavy这两组，然后分别通 ...

我那个文件里哪一部分错了呢？

sobereva

$h f、$x都不能这么直接写，比如你用basnam先把某些原子定义为成名为MIO的组，然后才能用$MIO字段来指定这个组里的原子的基组。而且也不该出现第二个$data。

建议看看手册里$BASIS部分的说明

小菜鸟求关照

sobereva 发表于 2015-2-2 12:53
$h f、$x都不能这么直接写，比如你用basnam先把某些原子定义为成名为MIO的组，然后才能用$MIO字段来指定这 ...

嗯呢 谢谢老师

brothers

gamess提供的input文档里有一个关于赝势基组和混合基组输入的完整例子。（P23）

小菜鸟求关照

brothers 发表于 2015-2-2 15:42
gamess提供的input文档里有一个关于赝势基组和混合基组输入的完整例子。（P23）

没有呀，您说的是哪一部分呢，我找找看，可能咱们版本不同吧，谢谢老师

brothers

小菜鸟求关照 发表于 2015-2-2 15:58
没有呀，您说的是哪一部分呢，我找找看，可能咱们版本不同吧，谢谢老师

我可不是老师，嘿嘿~gamess才学了不到半个月。第23页，一个Cr的例子