计算isomorphs之间的活化能

redfoxs · 发表于 Post on 2017-8-22 04:56:45

合成的分子存在着两个isomorph, 优化后的结构具有相同的能量，现在想知道从一个构型到另一个构型的活化能，是不是用scan，设置扫描步数和角度变化范围就可以了？
下图是模型分子的两种构型图：

陌上芬菲 · 发表于 Post on 2017-8-22 09:48:34

本帖最后由陌上芬菲于 2017-8-22 09:49 编辑

scan可能不好使用。或许，应该找过渡态，做irc验证。看上去这种结构还是容易找的。记得能量是算过渡态，isomers 的自由能G，如果是溶液，还要加上溶剂。
仅供参考！！

我本是个娃娃 · 发表于 Post on 2017-8-22 10:22:41

陌上芬菲发表于 2017-8-22 09:48
scan可能不好使用。或许，应该找过渡态，做irc验证。看上去这种结构还是容易找的。记得能量是算过渡态，i ...

这种反应应该存在过渡态，也就是说，存在一个转换的一个过渡结构，然后做IRC来验证。活化能一般用阿伦尼乌斯公式来拟合

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-8-22 12:24:17

找TS，用活化自由能考察。
SCAN几乎总是不对应实验上的化学意义的。

ggdh · 发表于 Post on 2017-8-22 14:19:32

两个苯环应该不是协同转的，所以有2步。

sobereva · 发表于 Post on 2017-8-22 21:23:26

我本是个娃娃发表于 2017-8-22 10:22
这种反应应该存在过渡态，也就是说，存在一个转换的一个过渡结构，然后做IRC来验证。活化能一般用阿伦尼 ...

活化能直接用TS自由能减去反应物自由能所得到的活化自由能就行了，如果不牵扯拟合k~T关系，用不着涉及阿仑尼乌斯公式拟合

我本是个娃娃 · 发表于 Post on 2017-8-22 21:36:47

sobereva 发表于 2017-8-22 21:23
活化能直接用TS自由能减去反应物自由能所得到的活化自由能就行了，如果不牵扯拟合k~T关系，用不着涉及阿 ...

哦，明白了，多谢大博士

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