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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 量子化学 (Quantum Chemistry) › 求助Ubuntu下ORCA并行问题
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[ORCA] 求助Ubuntu下ORCA并行问题

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bomsaude

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发表于 Post on 2015-1-21 22:51:03 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
本帖最后由 bomsaude 于 2015-1-21 23:01 编辑

Ubuntu12.04 64位下安装了orca3.0.3，单核计算没有问题，在卡开发发的热心帮助下，安装openmpi1.6.5后，但还是无法并行计算，出现的问题是：

fu@pc:~$ /home/fu/orca/orca test1.inp > test1.out &
[1] 21839
fu@pc:~$ /home/fu/orca/orca_gtoint_mpi: error while loading shared libraries: libmpi_cxx.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
/home/fu/orca/orca_gtoint_mpi: error while loading shared libraries: libmpi_cxx.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
ORCA finished by error termination in ORCA_GTOInt

安装过程如下：

个人台式机，安装路径：
orca：/home/fu/orca
openmpi1.6.5：/home/fu/openmpi1.6.5

将默认的shell改为了bash
确认安装了gcc和gfortran

终端openmpi1.6.5下 ./configure CC=gcc FC=gfortran --prefix=/home/fu/openmpi1.6.5/ 没有问题
然后，make && make install 开始安装，最后的输出内容如下，不知是否正确安装了：

  1. /usr/bin/install -c -m 644 help-ompi-profiler.txt '/home/fu/openmail1.6.5/share/openmpi'
  2. test -z "/home/fu/openmail1.6.5/share/man/man1" || /bin/mkdir -p "/home/fu/openmail1.6.5/share/man/man1"
  3. /usr/bin/install -c -m 644 ompi-profiler.1 '/home/fu/openmail1.6.5/share/man/man1'
  4. make[3]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/ompi/tools/ompi-profiler'
  5. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/ompi/tools/ompi-profiler'
  6. make[1]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/ompi'
  7. Making install in test
  8. make[1]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test'
  9. Making install in support
  10. make[2]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/support'
  11. make[3]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/support'
  12. make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
  13. make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
  14. make[3]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/support'
  15. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/support'
  16. Making install in asm
  17. make[2]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/asm'
  18. make[3]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/asm'
  19. make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
  20. make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
  21. make[3]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/asm'
  22. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/asm'
  23. Making install in class
  24. make[2]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/class'
  25. make[3]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/class'
  26. make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
  27. make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
  28. make[3]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/class'
  29. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/class'
  30. Making install in threads
  31. make[2]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/threads'
  32. make[3]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/threads'
  33. make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
  34. make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
  35. make[3]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/threads'
  36. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/threads'
  37. Making install in datatype
  38. make[2]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/datatype'
  39. make[3]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/datatype'
  40. make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
  41. make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
  42. make[3]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/datatype'
  43. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/datatype'
  44. Making install in util
  45. make[2]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/util'
  46. make[3]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/util'
  47. make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
  48. make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
  49. make[3]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/util'
  50. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/util'
  51. make[2]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test'
  52. make[3]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test'
  53. make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
  54. make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
  55. make[3]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test'
  56. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test'
  57. make[1]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test'
  58. make[1]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5'
  59. make[2]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5'
  60. make[2]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
  61. make[2]: Nothing to be done for `install-data-am'.
  62. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5'
  63. make[1]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5'
  64. fu@pc:~/openmpi1.6.5$
复制代码

.bashrc的内容是这么加入的，问题可能出在这，但是我不会改，搞不定。
export MPI_HOME=/usr
export PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MPI_HOME/lib


然后运行含有！PAL2的orca输入文件，出现了如本贴开头的问题。

google或百度一下，说需要建立软链接，还有如下的方法，由于本人对linux知之甚少，搞不定：


1. 用ln将需要的so文件链接到/usr/lib或者/lib这两个默认的目录下边
ln -s /where/you/install/lib/*.so /usr/lib
sudo ldconfig

2.修改LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/where/you/install/lib:$LD_LIBRARY_PATH
sudo ldconfig

3.修改/etc/ld.so.conf，然后刷新

vim /etc/ld.so.conf

add /where/you/install/lib
sudo ldconfig


望高人给与指导，谢谢了！

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sobereva

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发表于 Post on 2015-1-21 23:28:03 | 只看该作者 Only view this author
你的环境变量没设对，应当为
export PATH=$PATH:/home/fu/openmpi1.6.5/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/fu/openmpi1.6.5/lib
北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办极高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
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bomsaude

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-1-21 23:36:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 bomsaude 于 2015-1-21 23:50 编辑
sobereva 发表于 2015-1-21 23:28
你的环境变量没设对，应当为
export PATH=$PATH:/home/fu/openmpi1.6.5/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_ ...

谢谢您Sob，我按照您说的，更改后，也source了，也重新登录了，运行还是那个错误：

fu@pc:~$ /home/fu/orca/orca test1.inp > test1.out &
[1] 23501
fu@pc:~$ /home/fu/orca/orca_gtoint_mpi: error while loading shared libraries: libmpi_cxx.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
/home/fu/orca/orca_gtoint_mpi: error while loading shared libraries: libmpi_cxx.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
ORCA finished by error termination in ORCA_GTOInt

out文件部分内容如下：

  1. ================================================================================
  2.                                        INPUT FILE
  3. ================================================================================
  4. NAME = test1.inp
  5. |  1> # Test a simple DFT calculation
  6. |  2> ! RKS B3LYP/G 6-311G** Opt Grid4
  7. |  3> ! PAL2
  8. |  4> * xyz 0 1
  9. |  5> C  -0.56591643   -0.41685185    0.00007236
  10. |  6> C   0.83548351   -0.41692196    0.00050137
  11. |  7> C   1.53624443    0.79669073   -0.00006381
  12. |  8> C   0.83560543    2.01037354   -0.00105877
  13. |  9> C  -0.56579451    2.01044365   -0.00148574
  14. | 10> C  -1.26655543    0.79683096   -0.00092082
  15. | 11> H  -1.10096295   -1.34347207    0.00050287
  16. | 12> H   1.37043694   -1.34359572    0.00125995
  17. | 13> H   2.60624438    0.79663719    0.00026331
  18. | 14> H   1.37065195    2.93699376   -0.00149182
  19. | 15> H  -1.10074794    2.93711741   -0.00224291
  20. | 16> H  -2.33655538    0.79688450   -0.00124699
  21. | 17> *
  22. | 18>
  23. | 19>                          ****END OF INPUT****
  24. ================================================================================

  26.                        *****************************
  27.                        * Geometry Optimization Run *
  28.                        *****************************

  30. Geometry optimization settings:
  31. Update method            Update   .... BFGS
  32. Choice of coordinates    CoordSys .... Redundant Internals
  33. Initial Hessian          InHess   .... Almoef's Model

  35. Convergence Tolerances:
  36. Energy Change            TolE     ....  5.0000e-06 Eh
  37. Max. Gradient            TolMAXG  ....  3.0000e-04 Eh/bohr
  38. RMS Gradient             TolRMSG  ....  1.0000e-04 Eh/bohr
  39. Max. Displacement        TolMAXD  ....  4.0000e-03 bohr
  40. RMS Displacement         TolRMSD  ....  2.0000e-03 bohr

  42. ------------------------------------------------------------------------------
  43.                         ORCA OPTIMIZATION COORDINATE SETUP
  44. ------------------------------------------------------------------------------

  46. The optimization will be done in new redundant internal coordinates
  47. Making redundant internal coordinates   ...  (new redundants) done
  48. Evaluating the initial hessian          ...  (Almloef) done
  49. Evaluating the coordinates              ...  done
  50. Calculating the B-matrix                .... done
  51. Calculating the G-matrix                .... done
  52. Diagonalizing the G-matrix              .... done
  53. The first mode is                       ....   24
  54. The number of degrees of freedom        ....   30

  56.     -----------------------------------------------------------------
  57.                     Redundant Internal Coordinates


  60.     -----------------------------------------------------------------
  61.          Definition                    Initial Value    Approx d2E/dq
  62.     -----------------------------------------------------------------
  63.       1. B(C   1,C   0)                  1.4014         0.599171   
  64.       2. B(C   2,C   1)                  1.4014         0.599171   
  65.       3. B(C   3,C   2)                  1.4014         0.599171   
  66.       4. B(C   4,C   3)                  1.4014         0.599171   
  67.       5. B(C   5,C   4)                  1.4014         0.599171   
  68.       6. B(C   5,C   0)                  1.4014         0.599171   
  69.       7. B(H   6,C   0)                  1.0700         0.387554   
  70.       8. B(H   7,C   1)                  1.0700         0.387554   
  71.       9. B(H   8,C   2)                  1.0700         0.387554   
  72.      10. B(H   9,C   3)                  1.0700         0.387554   
  73.      11. B(H  10,C   4)                  1.0700         0.387554   
  74.      12. B(H  11,C   5)                  1.0700         0.387554   
  75.      13. A(C   1,C   0,C   5)          120.0000         0.428769   
  76.      14. A(C   1,C   0,H   6)          120.0000         0.355267   
  77.      15. A(C   5,C   0,H   6)          120.0000         0.355267   
  78.      16. A(C   2,C   1,H   7)          120.0000         0.355267   
  79.      17. A(C   0,C   1,C   2)          120.0000         0.428769   
  80.      18. A(C   0,C   1,H   7)          120.0000         0.355267   
  81.      19. A(C   3,C   2,H   8)          120.0000         0.355267   
  82.      20. A(C   1,C   2,H   8)          120.0000         0.355267   
  83.      21. A(C   1,C   2,C   3)          120.0000         0.428769   
  84.      22. A(C   4,C   3,H   9)          120.0000         0.355267   
  85.      23. A(C   2,C   3,H   9)          120.0000         0.355267   
  86.      24. A(C   2,C   3,C   4)          120.0000         0.428769   
  87.      25. A(C   3,C   4,H  10)          120.0000         0.355267   
  88.      26. A(C   3,C   4,C   5)          120.0000         0.428769   
  89.      27. A(C   5,C   4,H  10)          120.0000         0.355267   
  90.      28. A(C   0,C   5,C   4)          120.0000         0.428769   
  91.      29. A(C   4,C   5,H  11)          120.0000         0.355267   
  92.      30. A(C   0,C   5,H  11)          120.0000         0.355267   
  93.      31. D(H   7,C   1,C   0,C   5)    180.0000         0.024745   
  94.      32. D(H   7,C   1,C   0,H   6)     -0.0000         0.024745   
  95.      33. D(C   2,C   1,C   0,H   6)    179.9999         0.024745   
  96.      34. D(C   2,C   1,C   0,C   5)     -0.0000         0.024745   
  97.      35. D(H   8,C   2,C   1,C   0)   -180.0000         0.024745   
  98.      36. D(C   3,C   2,C   1,C   0)     -0.0000         0.024745   
  99.      37. D(C   3,C   2,C   1,H   7)    179.9999         0.024745   
  100.      38. D(H   8,C   2,C   1,H   7)     -0.0000         0.024745   
  101.      39. D(H   9,C   3,C   2,H   8)      0.0000         0.024745   
  102.      40. D(H   9,C   3,C   2,C   1)   -179.9999         0.024745   
  103.      41. D(C   4,C   3,C   2,H   8)   -179.9999         0.024745   
  104.      42. D(C   4,C   3,C   2,C   1)      0.0001         0.024745   
  105.      43. D(H  10,C   4,C   3,C   2)    179.9998         0.024745   
  106.      44. D(C   5,C   4,C   3,H   9)    179.9999         0.024745   
  107.      45. D(C   5,C   4,C   3,C   2)     -0.0001         0.024745   
  108.      46. D(H  10,C   4,C   3,H   9)     -0.0001         0.024745   
  109.      47. D(H  11,C   5,C   4,H  10)      0.0000         0.024745   
  110.      48. D(C   0,C   5,C   4,H  10)   -179.9999         0.024745   
  111.      49. D(C   0,C   5,C   4,C   3)      0.0001         0.024745   
  112.      50. D(H  11,C   5,C   0,H   6)      0.0001         0.024745   
  113.      51. D(H  11,C   5,C   0,C   1)   -179.9999         0.024745   
  114.      52. D(H  11,C   5,C   4,C   3)   -180.0000         0.024745   
  115.      53. D(C   4,C   5,C   0,H   6)   -179.9999         0.024745   
  116.      54. D(C   4,C   5,C   0,C   1)      0.0000         0.024745   
  117.     -----------------------------------------------------------------

  119. Number of atoms                         .... 12
  120. Number of degrees of freedom            .... 54

  122.          *************************************************************
  123.          *                GEOMETRY OPTIMIZATION CYCLE   1            *
  124.          *************************************************************
  125. ---------------------------------
  126. CARTESIAN COORDINATES (ANGSTROEM)
  127. ---------------------------------
  128.   C     -0.565916   -0.416852    0.000072
  129.   C      0.835484   -0.416922    0.000501
  130.   C      1.536244    0.796691   -0.000064
  131.   C      0.835605    2.010374   -0.001059
  132.   C     -0.565795    2.010444   -0.001486
  133.   C     -1.266555    0.796831   -0.000921
  134.   H     -1.100963   -1.343472    0.000503
  135.   H      1.370437   -1.343596    0.001260
  136.   H      2.606244    0.796637    0.000263
  137.   H      1.370652    2.936994   -0.001492
  138.   H     -1.100748    2.937117   -0.002243
  139.   H     -2.336555    0.796884   -0.001247

  141. ----------------------------
  142. CARTESIAN COORDINATES (A.U.)
  143. ----------------------------
  144.   NO LB      ZA    FRAG    MASS        X           Y           Z
  145.    0 C     6.0000    0    12.011         -1.069427067386417         -0.787735834918422          0.000136740583051
  146.    1 C     6.0000    0    12.011          1.578835023307257         -0.787868323617671          0.000947451991764
  147.    2 C     6.0000    0    12.011          2.903081247461957          1.505527293133800         -0.000120583424606
  148.    3 C     6.0000    0    12.011          1.579065418717505          3.799055417481780         -0.002000785338812
  149.    4 C     6.0000    0    12.011         -1.069196671976169          3.799187906181030         -0.002807641706212
  150.    5 C     6.0000    0    12.011         -2.393442896130868          1.505792289429559         -0.001740097618637
  151.    6 H     1.0000    0     1.008         -2.080518459094036         -2.538794280872281          0.000950286580965
  152.    7 H     1.0000    0     1.008          2.589750500409071         -2.539027945508741          0.002380960442434
  153.    8 H     1.0000    0     1.008          4.925088116271390          1.505426117196590          0.000497583788323
  154.    9 H     1.0000    0     1.008          2.590156810425125          5.550113863435641         -0.002819131241106
  155.   10 H     1.0000    0     1.008         -2.080112149077982          5.550347528072099         -0.004238485643033
  156.   11 H     1.0000    0     1.008         -4.415449764940301          1.505893465366770         -0.002356469591738

  158. --------------------------------
  159. INTERNAL COORDINATES (ANGSTROEM)
  160. --------------------------------
  161. C      0   0   0   0.000000     0.000     0.000
  162. C      1   0   0   1.401400     0.000     0.000
  163. C      2   1   0   1.401400   120.000     0.000
  164. C      3   2   1   1.401400   120.000     0.000
  165. C      4   3   2   1.401400   120.000     0.000
  166. C      5   4   3   1.401400   120.000     0.000
  167. H      1   2   3   1.070000   120.000   180.000
  168. H      2   1   3   1.070000   120.000   180.000
  169. H      3   2   1   1.070000   120.000   180.000
  170. H      4   3   2   1.070000   120.000   180.000
  171. H      5   4   3   1.070000   120.000   180.000
  172. H      6   5   4   1.070000   120.000   180.000

  174. ---------------------------
  175. INTERNAL COORDINATES (A.U.)
  176. ---------------------------
  177. C      0   0   0   0.000000     0.000     0.000
  178. C      1   0   0   2.648262     0.000     0.000
  179. C      2   1   0   2.648262   120.000     0.000
  180. C      3   2   1   2.648262   120.000     0.000
  181. C      4   3   2   2.648262   120.000     0.000
  182. C      5   4   3   2.648262   120.000     0.000
  183. H      1   2   3   2.022007   120.000   180.000
  184. H      2   1   3   2.022007   120.000   180.000
  185. H      3   2   1   2.022007   120.000   180.000
  186. H      4   3   2   2.022007   120.000   180.000
  187. H      5   4   3   2.022007   120.000   180.000
  188. H      6   5   4   2.022007   120.000   180.000

  190. ---------------------
  191. BASIS SET INFORMATION
  192. ---------------------
  193. There are 2 groups of distinct atoms

  195. Group   1 Type C   : 11s5p1d contracted to 4s3p1d pattern {6311/311/1}
  196. Group   2 Type H   : 5s1p contracted to 3s1p pattern {311/1}

  198. Atom   0C    basis set group =>   1
  199. Atom   1C    basis set group =>   1
  200. Atom   2C    basis set group =>   1
  201. Atom   3C    basis set group =>   1
  202. Atom   4C    basis set group =>   1
  203. Atom   5C    basis set group =>   1
  204. Atom   6H    basis set group =>   2
  205. Atom   7H    basis set group =>   2
  206. Atom   8H    basis set group =>   2
  207. Atom   9H    basis set group =>   2
  208. Atom  10H    basis set group =>   2
  209. Atom  11H    basis set group =>   2
  210. ORCA finished by error termination in ORCA_GTOInt
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sobereva

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发表于 Post on 2015-1-21 23:54:59 | 只看该作者 Only view this author
你先进入/home/fu/openmpi1.6.5/lib看看到底有没有那个.so文件。正常编译后应当能在安装目录下的lib中找到此文件
北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办极高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息，并避免错过网上有价值的计算化学文章！
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群（群号见此链接），合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔，提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-1-22 00:04:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-21 23:54
你先进入/home/fu/openmpi1.6.5/lib看看到底有没有那个.so文件。正常编译后应当能在安装目录下的lib中找到 ...

谢谢您的解答，我从头重新安装一次，试试看。
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bomsaude

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-1-22 00:36:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 bomsaude 于 2015-1-22 01:11 编辑

删掉原来的openmpi1.6.5，重新解压，编译和安装后，运行orca输入文件，出现如下错误：

  1. fu@pc:~$ /home/fu/orca/orca test1.inp > test1.out &
  2. [1] 4032
  3. fu@pc:~$ [pc:04035] [[17169,1],0] ORTE_ERROR_LOG: Data unpack would read past end of buffer in file util/nidmap.c at line 118
  4. [pc:04035] [[17169,1],0] ORTE_ERROR_LOG: Data unpack would read past end of buffer in file ess_env_module.c at line 174
  5. --------------------------------------------------------------------------
  6. It looks like orte_init failed for some reason; your parallel process is
  7. likely to abort.  There are many reasons that a parallel process can
  8. fail during orte_init; some of which are due to configuration or
  9. environment problems.  This failure appears to be an internal failure;
  10. here's some additional information (which may only be relevant to an
  11. Open MPI developer):

  13.   orte_util_nidmap_init failed
  14.   --> Returned value Data unpack would read past end of buffer (-26) instead of ORTE_SUCCESS
  15. --------------------------------------------------------------------------
  16. [pc:04035] [[17169,1],0] ORTE_ERROR_LOG: Data unpack would read past end of buffer in file runtime/orte_init.c at line 128
  17. --------------------------------------------------------------------------
  18. It looks like orte_init failed for some reason; your parallel process is
  19. likely to abort.  There are many reasons that a parallel process can
  20. fail during orte_init; some of which are due to configuration or
  21. environment problems.  This failure appears to be an internal failure;
  22. here's some additional information (which may only be relevant to an
  23. Open MPI developer):

  25.   orte_ess_set_name failed
  26.   --> Returned value Data unpack would read past end of buffer (-26) instead of ORTE_SUCCESS
  27. --------------------------------------------------------------------------
  28. --------------------------------------------------------------------------
  29. It looks like MPI_INIT failed for some reason; your parallel process is
  30. likely to abort.  There are many reasons that a parallel process can
  31. fail during MPI_INIT; some of which are due to configuration or environment
  32. problems.  This failure appears to be an internal failure; here's some
  33. additional information (which may only be relevant to an Open MPI
  34. developer):

  36.   ompi_mpi_init: orte_init failed
  37.   --> Returned "Data unpack would read past end of buffer" (-26) instead of "Success" (0)
  38. --------------------------------------------------------------------------
  39. [pc:4035] *** An error occurred in MPI_Init
  40. [pc:4035] *** on a NULL communicator
  41. [pc:4035] *** Unknown error
  42. [pc:4035] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL: your MPI job will now abort
  43. --------------------------------------------------------------------------
  44. An MPI process is aborting at a time when it cannot guarantee that all
  45. of its peer processes in the job will be killed properly.  You should
  46. double check that everything has shut down cleanly.

  48.   Reason:     Before MPI_INIT completed
  49.   Local host: pc
  50.   PID:        4035
  51. --------------------------------------------------------------------------
  52. --------------------------------------------------------------------------
  53. mpirun has exited due to process rank 0 with PID 4035 on
  54. node pc exiting without calling "finalize". This may
  55. have caused other processes in the application to be
  56. terminated by signals sent by mpirun (as reported here).
  57. --------------------------------------------------------------------------
  58. ORCA finished by error termination in ORCA_GTOInt



  62. 网上搜的解决办法

  64. [node2:24085] [[64770,1],0] ORTE_ERROR_LOG: Data unpack would read past end of buffer in file util/nidmap.c at line 118
  65. [node2:24085] [[64770,1],0] ORTE_ERROR_LOG: Data unpack would read past end of buffer in file ess_env_module.c at line 174
  66. orte_util_nidmap_init failed
  67. 解决方法：mpi在bash下正常，但再csh下不正常，貌似解决方法是将一些路径添加到～/.cshrc中，记不清了
复制代码

盼望Sob和各位高人指点迷津，谢谢！
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bomsaude

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-1-22 06:29:01 | 只看该作者 Only view this author
谢谢卡开发发和Sob的热心帮助，我重新安装Ubuntu后，再次安装orca并行运算成功，然后我重新写一个帖子，把具体过程写一遍。
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