Gaussian gjf文件转Dalton mol文件的Python脚本

nanhuayu

前段时间写dalton文件，转mol文件时特别麻烦，顺手写了个python脚本转换。
不知道大家是否有类似需求。

1. import sys
   
2. 
   
3. print(sys.argv)
   
4. filename = sys.argv[1]
   
5. with open(filename, 'r',encoding='utf8') as f:
   
6.     tmpstr = f.read()
   
7. 
   
8. molstr = tmpstr.split("\n\n")[2]
   
9. molstrlist = [[j for j in i.split(" ") if j] for i in molstr.split('\n') if i][1:]
   
10. 
    
11. #print(molstr)
    
12. #[print(i) for i in molstrlist[:5]+molstrlist[-1:]]
    
13. 
    
14. molnamelist = dict()
    
15. for i in range(len(molstrlist)):
    
16.     if molstrlist[i][0] in molnamelist:
    
17.         molnamelist[molstrlist[i][0]].append(i)
    
18.     else:
    
19.         molnamelist[molstrlist[i][0]]=[i]
    
20. 
    
21. print(molnamelist)
    
22. 
    
23. def getlist(listname):
    
24.     count = len(molnamelist[listname])
    
25.     retlist = ["  ".join(molstrlist[i]) for i in molnamelist[listname] ]
    
26.     return count, retlist
    
27. 
    
28. 
    
29. dalheadstr = "BASIS\n3-21G\n{0}\n------------------------\nAtomTypes={1} NoSymmetry Angstrom\n"
    
30. with open(filename[:-4]+".mol",'w',encoding='utf8') as f:
    
31.     f.write(dalheadstr.format(filename[:-4],len(molnamelist)))
    
32. for i in molnamelist:
    
33.     #print(i)
    
34.     count, atomstr = getlist(i)
    
35.     with open(filename[:-4]+".mol",'a',encoding='utf8') as f:
    
36.         f.write("Charge={0} Atoms={1}\n".format(i,count))
    
37.         f.write("\n".join(atomstr) + "\n")

复制代码

wangyj

弱弱的说一句，题目打错了，应该是转不是传吧，我有点强迫症。。。

nanhuayu

wangyj 发表于 2017-8-31 09:54
弱弱的说一句，题目打错了，应该是转不是传吧，我有点强迫症。。。

群众的眼睛果然是雪亮的

哇哇吐

请问大神这个要怎么用，我最近也在学dalton。谢谢。

sobereva

哇哇吐 发表于 2017-12-21 09:22
请问大神这个要怎么用，我最近也在学dalton。谢谢。

你可以用Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)载入pdb,xyz,mol,fch,molden等等含有结构信息的文件，用主功能100的子功能2产生Dalton的简单任务的输入文件，然后再改关键词

nanhuayu

哇哇吐 发表于 2017-12-21 09:22
请问大神这个要怎么用，我最近也在学dalton。谢谢。

有一段时间没看帖子了。。。
推荐使用sobereva老师的multiwfn
使用方法为python gjf2mol.py *.gjf
推荐使用python3

abin

~/dalton/tools/xyz2dalton

babel -i g09 XXX.log -o xyz YYY.xyz
xyz2dalton < YYY.xyz > CCC.mol

Read the f**king manuals.