关于dmol3中TS search时出现极相近的两个虚频时如何消除不需要的虚频的问题

jjqaz

卡开发发 发表于 2017-9-5 16:32
我倒是不认为不能顺利跑下去的事情和结构有关，如果是结构不合理充其量也就TS opt不收敛而报错。

老师，请问下您DMOL3中过渡态搜索后TS Confirmation获得的xcd图怎么看？从中怎么判断自己获得的过渡态是否正确，以及若是不正确该如何处理？

卡开发发

jjqaz 发表于 2017-9-11 21:07
老师，请问下您DMOL3中过渡态搜索后TS Confirmation获得的xcd图怎么看？从中怎么判断自己获得的过渡态是 ...

不太清楚，DMol3的TS confirmation的算法我没有专门研究过。但大概可以确定的是，在NEB过程中能搜索到其他极小点的话，也就意味着你找的过程并非一个基元反应过程，你需要重新在这个极小点和反应物与产物分别在做过渡态搜索。

jjqaz

卡开发发 发表于 2017-9-11 21:09
不太清楚，DMol3的TS confirmation的算法我没有专门研究过。但大概可以确定的是，在NEB过程中能搜索到其 ...

好的，谢谢老师，我去研究下~~~~

夜夜衣

卡开发发 发表于 2017-9-5 16:32
我倒是不认为不能顺利跑下去的事情和结构有关，如果是结构不合理充其量也就TS opt不收敛而报错。

老师，这个过渡态精修的问题搁置了一段时间，其他的忙完了，最近又开始研究起来了，但总是报错，有错信息在附件里面，老师能麻烦您能帮我看看吗？

卡开发发

夜夜衣 发表于 2017-10-6 15:29
老师，这个过渡态精修的问题搁置了一段时间，其他的忙完了，最近又开始研究起来了，但总是报错，有错信息 ...

报错/opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh: No such file or directory，检查一下环境变量是否有问题，还是确实没有这个文件。你再看看其他DMol3的任务是否能正常运行。

夜夜衣

卡开发发 发表于 2017-10-6 15:54
报错/opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh: No such file or directory，检查一下环境变量是否有 ...

机房的管理员回家了...我不知道怎样才能检查文件存在不存在或者环境变量有问题，正常的优化是可以进行的但是涉及到频率的总是会报错..

夜夜衣

卡开发发 发表于 2017-10-6 15:54
报错/opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh: No such file or directory，检查一下环境变量是否有 ...

我去问了管理员，环境变量的问题是当时写pbs脚本的时候的问题，应该没有影响，我也计算了其他体系的频率是可以的，说明应该是体系本身的问题。

卡开发发

夜夜衣 发表于 2017-10-7 12:56
我去问了管理员，环境变量的问题是当时写pbs脚本的时候的问题，应该没有影响，我也计算了其他体系的频率 ...

我不清楚你是否给我全部的报错信息，暂时来说不大好诊断。

夜夜衣

卡开发发 发表于 2017-10-7 14:33
我不清楚你是否给我全部的报错信息，暂时来说不大好诊断。

老师，我觉得我找到问题了，我的二维材料体系都引入了或多或少的正电荷，应该是引入之后体系的构型变化很大，也很不稳定，导致频率计算不出，现在准备改用VASP计算，但是往里面引入电荷怎么写关键字又是个问题...体系中共有36个硼原子和2个H原子，那是否关键字应该写成NELECT = 109？附BH原子的potcar

卡开发发

夜夜衣 发表于 2017-10-17 16:16
老师，我觉得我找到问题了，我的二维材料体系都引入了或多或少的正电荷，应该是引入之后体系的构型变化很 ...

我觉得应该不是体系的事情，一般带电荷也是能算的。不过周期体系加电荷最好弄清楚意义，否则结果会很诡异。

NELECT就是按照电子数目算，现在是36x3+2=110，如果你要引进一个正电子就是109.

夜夜衣

卡开发发 发表于 2017-10-17 18:34
我觉得应该不是体系的事情，一般带电荷也是能算的。不过周期体系加电荷最好弄清楚意义，否则结果会很诡异 ...

好的，非常谢谢老师，其实我对往周期性体系里面加电荷也存在疑问，曾有老师现在也是对这个持保留意见，认为在软件的计算原理上有一点问题，不过导师曾用这个发过JACS，我现在也是在做一些后续的工作，现在导师的想法确实是我不能违逆的，希望以后我能彻底的弄清楚这个问题~

卡开发发

夜夜衣 发表于 2017-10-17 22:35
好的，非常谢谢老师，其实我对往周期性体系里面加电荷也存在疑问，曾有老师现在也是对这个持保留意见，认 ...

加电荷本身没问题，一些发散性的问题已经有多种成熟技术可以避免，但是加电荷的意义得弄清楚。

zll12369

前辈您好，我在使用石墨炔负载单原子催化剂催化甲酸脱氢的计算中，也遇到了您之前所遇到的问题，我在TS search后得到了多个虚频，能够确定其中一个虚频是我所需要的路径，请问我是应该对这个虚频animation之后对得到的xtd文件进行频率计算后再对其所产生的xsd文件进行TS opt呢，还是在对所需要的虚频进行animation后直接对TS search目录下的xsd文件进行TS opt 呀。我对所TS search目录下的xsd文件进行TS opt，也是遇到了和您一样的问题，反复的报错。想麻烦您为我解惑一下。