Gromacs与Amber参数文件的简单对比

fantasticqhl · 发表于 Post on 2015-1-23 04:52:28

我最开始接触的MD软件是amber，那个时候计算的体系都是蛋白+小分子，一般都是用antechamber来处理小分子。
那个时候，计算都有一套流程，每次跑完MD都是算MM/PBSA，也没有深究过amber的参数文件。

后来的好一段时间使用的都是Gromacs，今天想要自己写一个小分子的lib与frcmod文件，还得反复对比amber里面的参数文件，
找出一定的规律，才把lib与frcmod文件写好，最后才生成了prmtop与inpcrd文件。

之前也构建过小分子的Gromacs格式的topology文件，一直觉得Gromacs的参数文件，简单明了，原子名，原子类型，键角参数，
一目了然，易于理解，也很方便修改。而Amber在这方面貌似就搞得复杂了一些，lib文件与frcmod在转换为prmtop与inpcrd文件之后，
格式大变，不够直观，也不便理解。

一点点感触，一点点浅见！

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-23 05:43:18

是的，amber的leap虽然看起来比较自动化、不需要把细节搞透，往往很方便，但是真碰到了需要自己直接调整、修改参数的时候，它的格式的复杂性导致的麻烦就暴露出来了。
amber作为商业软件，在leap的设计上也有一定商业软件的设计风格，界面比较好，上手快，但难以很好兼顾使用者在灵活性、可控性上的需求。

fantasticqhl · 发表于 Post on 2015-1-27 04:54:57

sobereva 发表于 2015-1-23 05:43
是的，amber的leap虽然看起来比较自动化、不需要把细节搞透，往往很方便，但是真碰到了需要自己直接调整、 ...

谢谢SOB加分!

确实是这样的, 修改参数处理起来很麻烦! 今天要在prmtop中添加一项LENNARD_JONES_CCOEF项,
怎么都弄不出来, 还是没有gromacs与namd来的直接.

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[综合交流] Gromacs与Amber参数文件的简单对比

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