Gaussian 自定义 SMD 溶剂化非极性参数的“隐藏关键词”

dada747 · 发表于 Post on 2017-9-7 17:20:36

liyuanhe211 发表于 2017-9-6 14:46
动机是最近想做混合溶剂的SMD，不知道将各个参数按质量比 or 体积比线性差值、芳香原子的比例想按溶剂中 ...

按照质量比，有一个专门描述这个的公式

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-9-8 02:10:13

sobereva 发表于 2017-9-7 01:55
#p b3lyp/6-31g(d) scrf=(smd,read)

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Gaussian Help 确认了自定义时是用n^2=epsinf来定义n的，没有单独的n和n_25，这样都明白了。

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-8 03:33:18

dada747 发表于 2017-9-7 17:20
按照质量比，有一个专门描述这个的公式

用体积比更合理。没听说过质量比与溶剂非极性参数有什么公式。
用质量比的相当于不同同位素都会直接影响溶剂各种参数，但这明显没有什么清楚直接的关系，更何况SMD溶剂描述符多达6个，有的纯粹是看溶剂的元素比例定义的。

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-8 03:59:14

liyuanhe211 发表于 2017-9-8 02:10
Gaussian Help 确认了自定义时是用n^2=epsinf来定义n的，没有单独的n和n_25，这样都明白了。

高斯这种做法不严格，或者有误导性。
虽然SMD算溶解自由能对应的是298K下的，但是如SMD原文里指出的，其公式里计算非极性部分用的是室温293K下的折射率（因为数据更容易查），SMD中的经验参数也是对此拟合的。但是，计算TDDFT等用的epsinf应当又是298K的（因为一般研究的是298K的情况），所以只允许定义一个epsinf这就造成了矛盾。
相比之下，ORCA那种分别定义n20和n25就比较好。或者，高斯应该对于SMD让用户分别定义n20和epsinf（或n25），对于PCM只定义epsinf。

这点在一些程序中也比较乱，比如NWChem里的SMD只让定义293K的折射率，而GAMESS-US的SMD只让定义298K的折射率...

madhatter · 发表于 Post on 2022-4-14 16:36:34

sobereva 发表于 2017-9-8 03:59
高斯这种做法不严格，或者有误导性。
虽然SMD算溶解自由能对应的是298K下的，但是如SMD原文里指出的， ...

可以问一下sob老师，如果通过orca用smd，其中如何自定义溶剂
%cpcm
smd true
SMDsolvent "solvent"
epsilon 32.0
Soln 1.46
Soln25  1.46
Sola  0.35
Solb  0.59
Solg  48
Solc  0
Solh  0.0625
end

solvent如何写才能等效于高斯中SCRF(SMD,read,solvent=generic)

烂土豆 · 发表于 Post on 2022-11-18 19:02:36

请问氢键酸性和碱性数据可以在哪个数据库查到？

ABetaCarw · 发表于 Post on 2023-8-24 11:08:06

liyuanhe211 发表于 2017-9-6 14:46
动机是最近想做混合溶剂的SMD，不知道将各个参数按质量比 or 体积比线性差值、芳香原子的比例想按溶剂中 ...

李老师，你好。这里提到的芳香原子的比例参数最终是如何设置的？比如我要算一个离子液体和水的混合溶剂，如何设置那些参数？

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