分子堆积疏密与转动能量之间的关系咨询，谢谢指点。

小范范1989 · 发表于 Post on 2017-9-15 10:43:43

本帖最后由小范范1989 于 2017-9-15 10:47 编辑

背景：通过晶体结构看到左右两边分子的堆积程度不一样，我感觉左边堆积比较密，所以，分子间作用力应该强。右边比较稀疏，分子间作用力小。如图A所以，我就柔性扫描了左边一个苯环的转动（0-70度）红线表示。柔性扫描右边一个苯环（黑线）。我当时预期应该是红色线的转动能量应该比黑色线高。
但是做出来的图像（B），却是黑色高。为什么呢？如何理解呢？
计算文件应该没问题，origin作图应该没问题，我刚刚开始以为弄反了，我做了两次，都是这样。
谢谢老师指点

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-15 11:04:02

直接柔性扫描，还是把其中一些原子在柔性扫描中设了冻结？

小范范1989 · 发表于 Post on 2017-9-15 11:17:47

sobereva 发表于 2017-9-15 11:04
直接柔性扫描，还是把其中一些原子在柔性扫描中设了冻结？

sob老师好，直接柔性扫描的，没有冻结。谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-15 13:30:48

小范范1989 发表于 2017-9-15 11:17
sob老师好，直接柔性扫描的，没有冻结。谢谢老师

完全不做固定，恐怕不很合理，毕竟晶体状态中原子运动受到周围环境束缚

小范范1989 · 发表于 Post on 2017-9-15 15:03:29

sobereva 发表于 2017-9-15 13:30
完全不做固定，恐怕不很合理，毕竟晶体状态中原子运动受到周围环境束缚

偶，sob老师好，我的MM是固定的。QM没有固定原子，而是直接柔性扫描的。
我尝试一下固定QM的部分原子试试，谢谢sob老师指点

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[综合交流] 分子堆积疏密与转动能量之间的关系咨询，谢谢指点。