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[Linux] 关于只中止gaussian相关的作业,保留其它作业问题

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大家好:
      我在连续的节点c1-01,c1-02...c1-10上(通过脚本)提交了gaussian 的作业。各个节点上,还有gromacs的作业。
      因为需要修改,我现在需要把各个节点上的gaussian相关的作来kill掉。

     之前,只要killall -u 我的用户名,把所有作业kill就行。
     现在,我想让gromacs的作业继续运行,只kill gaussian相关的。请问,应该如何实现。
     谢谢。




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发表于 Post on 2017-9-18 14:53:54 | 只看该作者 Only view this author
qdel 作业编号
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发表于 Post on 2017-9-19 21:34:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Graphite 于 2017-9-19 21:39 编辑
  1. kill $(ps -ao comm,pid | grep -E 'l[0-9]{1,4}\.exe' | gawk '{ print $2 }')
复制代码
原理:ps -ao comm,pid生成一个含有COMMAND和PID项的进程表,然后grep在此表内搜索lxxx.exe,gawk把pid那一项取出扔给kill
grep和gawk换sed也一样

单机zsh用户:
  1. kill l
复制代码

按一下tab就自动补齐了,有其他以字母l开头进程的话会让你选。



镜像空间计算模拟

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-20 14:38:04 | 只看该作者 Only view this author
Graphite 发表于 2017-9-19 21:34
原理:ps -ao comm,pid生成一个含有COMMAND和PID项的进程表,然后grep在此表内搜索lxxx.exe,gawk把pid那一 ...

非常感谢。我尝试一下先。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-22 11:12:32 | 只看该作者 Only view this author

你好,请问,我应该如何得到作来号,
我通过脚本ssh 进到节点,交作来,再退出来。
这时,把作业号输出到文件里?
还是通过其它的方式?

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6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-22 11:14:40 | 只看该作者 Only view this author
Graphite 发表于 2017-9-19 21:34
原理:ps -ao comm,pid生成一个含有COMMAND和PID项的进程表,然后grep在此表内搜索lxxx.exe,gawk把pid那一 ...

你好。
通过
ps -ao comm,pid
并没有关于gaussian的作业。

虽然top 后,
是有l906.exe的。

ps -ao comm,pid
返回
COMMAND PID
ps                22945

我的系统是centos。

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7#
发表于 Post on 2017-9-22 14:38:28 | 只看该作者 Only view this author
meatball1982 发表于 2017-9-22 11:12
你好,请问,我应该如何得到作来号,
我通过脚本ssh 进到节点,交作来,再退出来。
这时,把作业号输出 ...

祖业编号直接qstat 或者top就可以看到
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-22 15:59:46 | 只看该作者 Only view this author
xylz6188 发表于 2017-9-22 14:38
祖业编号直接qstat 或者top就可以看到

收到。谢谢。

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