用autodock vina 做blind docking 的结果可靠吗？

jase20 · 发表于 Post on 2017-9-19 13:58:25

各位老师同学好，就是现在手上有一个小分子，和一段DNA，想粗略的探究下小分子与DNA的结合位点，但是我也不知道会结合在哪里.....所以使用vina做blind docking可以吗？在做blind docking的时候直接让grid box覆盖住整个DNA可以吗？这样除了计算量会增加一点外会对对接结果有什么其他的影响吗？

smutao · 发表于 Post on 2017-9-20 07:01:04

先跑一个看看结果怎么样
如果能和实验对上就行

jase20 · 发表于 Post on 2017-9-20 10:24:56

smutao 发表于 2017-9-20 07:01
先跑一个看看结果怎么样
如果能和实验对上就行

谢谢啦，不过情况是这样的，老师先让我做个对接，粗略看看会是什么样子，再决定投不投入成本进行实验，进行MD模拟的代价又比较大，所以就用vina做得对接

xking · 发表于 Post on 2021-11-16 18:17:19

请问有vina软件包吗，可以分享一下吗

boychuan · 发表于 Post on 2021-11-23 10:52:48

jase20 发表于 2017-9-20 10:24
谢谢啦，不过情况是这样的，老师先让我做个对接，粗略看看会是什么样子，再决定投不投入成本进行实验，进 ...

请问您那有vina软件包没，可以分享一下不？

MolAICal · 发表于 Post on 2021-11-25 01:06:12

boychuan 发表于 2021-11-23 10:52
请问您那有vina软件包没，可以分享一下不？

可以试试MolAICal 比vina好一点 https://molaical.github.io/MolDocking.html

boychuan · 发表于 Post on 2021-12-10 10:01:41

MolAICal 发表于 2021-11-25 01:06
可以试试MolAICal 比vina好一点 https://molaical.github.io/MolDocking.html

好的，非常感谢~

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