PMF计算问题

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-9-23 15:29:32

请教各位gromacs专家，
我在计算PMF时遇到了点麻烦：我需要计算一个分子从界面迁移到有机相的PMF计算。这个反应坐标，我打算定义为分子质心到界面的距离。可是这个距离该怎么定义，尤其是前面的牵引过程。这个界面一直在动，如何把水油界面作为一个组？
谢谢大家！

HarrisLin · 发表于 Post on 2017-9-23 15:41:13

如果是要綁定組試試看gmx make_ndx如何
中文教學

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-9-23 16:08:58

定义分子到油相的质心距离在z轴上的投影为反应坐标

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-9-23 20:52:23

fhh2626 发表于 2017-9-23 16:08
定义分子到油相的质心距离在z轴上的投影为反应坐标

再向您请教一下，如何统计每一帧结构中，分子与界面之间的距离。

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-23 21:45:55

kjxwl3 发表于 2017-9-23 20:52
再向您请教一下，如何统计每一帧结构中，分子与界面之间的距离。

写个tcl脚本，或者直接调用gmx的density命令，考察其中一相密度突变的Z位置，然后和分子质心Z坐标求差

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-9-23 23:48:14

sobereva 发表于 2017-9-23 21:45
写个tcl脚本，或者直接调用gmx的density命令，考察其中一相密度突变的Z位置，然后和分子质心Z坐标求差

谢谢老师！我也是这样想的，但是如果用g_density来读入整个轨迹，就会发现最终会读入所有帧的结构，最后只会出来一个密度图，应该是平均值。现在应该是要把每一帧的结构单独拿出来统计，g_density可以做到把每一帧的结构都读出来么。

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[GROMACS] PMF计算问题