Chemcraft: 衡量两个分子结构几何偏差的好帮手

bomsaude · 发表于 Post on 2017-9-24 03:57:53

本帖最后由 bomsaude 于 2017-9-26 09:51 编辑

Sob以前有博文：在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差（http://sobereva.com/290）。最近用了一下Chemcraft，采用Tools中的RMS功能，只要在两个窗口中分别打开要比较的分子，然后点此功能也可以快速得到这个数据。可以选择比较所有原子，也可以选择一类原子（如C，H或O），也可以选择某些原子，试了一下计算结果和Sob博文结果一样。比较时，两个分子的原子编号应该一致。至于是否能够象VMD一样给出分子在一起比较的示意图，尚不清楚。

youyno · 发表于 Post on 2017-9-24 10:52:37

前一阵也发现了这个功能，还没用过，chemcraft真的是款很不错的可视化软件

get-it · 发表于 Post on 2017-9-24 12:57:22

如果比较两个结构差异很大的分子会怎么样？
看过文献，说找到RMSD的全局最小值是NP-hard问题。只有在结构相近时，才能用多项式复杂度算法得到正确的结果。

meatball1982 · 发表于 Post on 2017-9-25 09:20:03

get-it 发表于 2017-9-24 12:57
如果比较两个结构差异很大的分子会怎么样？
看过文献，说找到RMSD的全局最小值是NP-hard问题。只有在结构 ...

请问，方便告诉一下是哪个文献吗。

get-it · 发表于 Post on 2017-9-25 09:45:50

meatball1982 发表于 2017-9-25 09:20
请问，方便告诉一下是哪个文献吗。

10.1063/1.4828704

冰释之川 · 发表于 Post on 2017-9-25 09:52:33

这功能之前体验过，似乎在算RMSD这方面比VMD要方便一点。但是还是喜欢用VMD，因为其两个分子并行呈现的灵活度要比chemcraft高。

meatball1982 · 发表于 Post on 2017-9-25 13:36:28

get-it 发表于 2017-9-25 09:45
10.1063/1.4828704

Thank u.

zjxitcc · 发表于 Post on 2017-9-25 15:08:37

我也试了下，它仍然要求两个分子的标号必须一致。我给两个例子，它们标号不同但是结构一样的。大家可以试一下，我用chemcraft比出来RMSD是1.419。

bomsaude · 发表于 Post on 2017-9-26 17:47:40

zjxitcc 发表于 2017-9-25 07:08
我也试了下，它仍然要求两个分子的标号必须一致。我给两个例子，它们标号不同但是结构一样的。大家可以试一 ...

你说的很对，需要原子编号一致。ChemCraft就是把把两套原子按编号顺序一一对比它们的坐标差异，若相邻的原子一交换位置，RMSD就是它们之间的键长。这个应该和VMD一样的，你这两个文件的坐标导入到VMD结果也是1.419.

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