grompp出错Invalid order for directive moleculetype

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-9-24 23:37:49

2024-5-25管理员注：此问题属于非常老生常谈的问题，遂专门写了个帖子：“老生常谈的grompp提示Invalid order for directive atomtypes报错专帖”
http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html

各位gromacs大神，
我在用gromacs的时候，遇到了一个问题：
我分别创建了两个分子的itp，然后再top文件中include他们，结果在grompp的时候一致报错：
Fatal error:
Syntax error - File CHE_GMX.itp, line 14
Last line read:
'[ default ]'
Invalid order for directive moleculetype
查了一下说这是顺序的问题。但是这个itp里面directive的顺序就是我根据手册来的。不知道这个错误是由于什么原因造成的？
附件两个itp为分子的力场，top是我的top文件。
谢谢大家！

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-25 07:48:53

[ defaults ]放到top的最开头

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-9-25 09:02:01

sobereva 发表于 2017-9-25 07:48
[ defaults ]放到top的最开头

谢谢sob老师，我这样写了之后还是报错。您看看我的附件。报错是：
Fatal error:
Syntax error - File OWS_GMX.itp, line 1
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes

wbn · 发表于 Post on 2017-9-25 10:42:29

kjxwl3 发表于 2017-9-25 09:02
谢谢sob老师，我这样写了之后还是报错。您看看我的附件。报错是：
Fatal error:
Syntax error - File O ...

[ atomtypes ] [ system ] [ molecules ] 这几项只能出现一次。我的习惯是所有东西都写top文件里，不用itp文件。但也可以把两个itp 里面[ atomtypes ] 合并到一起写进一个新itp 文件里，然后include到两个molecule之前。把itp 文件里[ system ] [ molecules ] 部分去掉，留在top文件里。

另：做之前建议多读读Manual，不要瞎做。gromacs的manual我认为通读一遍还是很有意义的，也不花很多时间。

wbn · 发表于 Post on 2017-9-25 10:46:23

另：itp文件欠检查。水分子键角参数都没有

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-9-25 12:25:26

wbn 发表于 2017-9-25 10:46
另：itp文件欠检查。水分子键角参数都没有

O-H1和O-H2两边是对称的，可以不需要键角信息。

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-9-25 12:30:12

wbn 发表于 2017-9-25 10:42
[ atomtypes ] [ system ] [ molecules ] 这几项只能出现一次。我的习惯是所有东西都写top文件里，不用i ...

谢谢，我按你的这个来做了，可还是不work。

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-9-25 12:30:34

kjxwl3 发表于 2017-9-25 12:25
O-H1和O-H2两边是对称的，可以不需要键角信息。

报错是：
Fatal error:
Syntax error - File atomtype.itp, line 1
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-25 21:15:54

kjxwl3 发表于 2017-9-25 12:30
报错是：
Fatal error:
Syntax error - File atomtype.itp, line 1

atomtypes必须先于任何一个moleculetypes出现，你的两个.itp里都#include "atomtype.itp"，第二次引入这个文件时候导致atomtypes出现在了第一个moleculetypes之后，违背了gmx的要求

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-9-25 21:34:42

sobereva 发表于 2017-9-25 21:15
atomtypes必须先于任何一个moleculetypes出现，你的两个.itp里都#include "atomtype.itp"，第二次引入这 ...

这个有很好的解决方案么，我现在主要是想采用这种分开的方式。

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-25 21:38:34

kjxwl3 发表于 2017-9-25 21:34
这个有很好的解决方案么，我现在主要是想采用这种分开的方式。

你把第二个itp里引入的atomtypes给去掉就完了

wbn · 发表于 Post on 2017-9-25 22:53:55

kjxwl3 发表于 2017-9-25 12:25
O-H1和O-H2两边是对称的，可以不需要键角信息。

对不对称和有没有键角有什么关系

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-9-25 23:02:03

wbn 发表于 2017-9-25 22:53
对不对称和有没有键角有什么关系

我这个是全部用amber中的tip3p的水转的，采用的是acpype.py的脚本。在amber自己的力场库里面也是这样写的，O和HW1以及O和HW2的键长部分。没有键角部分，这个没有影响。

wbn · 发表于 Post on 2017-9-25 23:23:55

kjxwl3 发表于 2017-9-25 23:02
我这个是全部用amber中的tip3p的水转的，采用的是acpype.py的脚本。在amber自己的力场库里面也是这样写的 ...

你确定TIP3P里是像你一样只定义了O-H之间的距离，而没有定义H-H之间的距离

柒月小鱼 · 发表于 Post on 2018-7-24 11:30:45

哈喽楼主这个问题解决了么

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[GROMACS] grompp出错Invalid order for directive moleculetype