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[GROMACS] gromacs运行过程中的问题

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楼主
向大家请教一下:
     我在运行gromacs的md的时候,发现会产生step348572b_n7.pdb等很多类似的文件,我检查了我的参数,感觉没有什么问题啊。不知道是什么原因造成的。
     谢谢大家!

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发表于 Post on 2017-9-27 21:48:05 | 只看该作者 Only view this author
运行中途出错,或者崩溃,就会把之前的几步结构导出成pdb便于排查错误
如果只是模拟一开始偶尔出现几个警告,自动导出了pdb,之后都一直稳定,轨迹合理,则不用去管。如果直接模拟崩溃,必定是计算问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-29 19:48:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-27 21:48
运行中途出错,或者崩溃,就会把之前的几步结构导出成pdb便于排查错误
如果只是模拟一开始偶尔出现几个警 ...

这个主要是力场的问题,还是盒子建立的问题?不知道是哪儿出了问题。我的nvt可以进行下去,到npt的时候就模拟不下去了,盒子的大小是10nm*10nm*10nm。

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发表于 Post on 2017-9-29 21:27:15 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
原因很多,看看log文件就知道了。我遇到这种现象,经常是LINCS错误,出现上千个这种pdb文件,然后任务就断了。

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发表于 Post on 2017-9-30 00:36:53 | 只看该作者 Only view this author
lujun 发表于 2017-9-29 19:48
这个主要是力场的问题,还是盒子建立的问题?不知道是哪儿出了问题。我的nvt可以进行下去,到npt的时候就 ...


可能原因太多。反复切换设定对比找原因(先从mdp着手,找不着问题再从结构和拓扑文件着手),反复尝试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-30 11:03:09 | 只看该作者 Only view this author
霜晨月 发表于 2017-9-29 21:27
原因很多,看看log文件就知道了。我遇到这种现象,经常是LINCS错误,出现上千个这种pdb文件,然后任务就断 ...

谢谢!附件是我的md.mdp,md.log文件,好像就是LINCS的原因。

md.log

14.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 11

md.mdp

1.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 16

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发表于 Post on 2017-9-30 12:23:12 | 只看该作者 Only view this author
lujun 发表于 2017-9-30 11:03
谢谢!附件是我的md.mdp,md.log文件,好像就是LINCS的原因。

你的log文件只有个开头啊?后面没了?
mdp里面,tc-grps 只设了一个 system,可能容易出问题吧。

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发表于 Post on 2017-9-30 14:50:25 | 只看该作者 Only view this author
lujun 发表于 2017-9-30 11:03
谢谢!附件是我的md.mdp,md.log文件,好像就是LINCS的原因。


md_NPT.mdp (695 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 99)
在这个NPT模板文件上恰当修改然后跑再试,这是比较通用的mdp
死活LINCS解决不了,就把步长减小到1fs,不做约束再试。如果还不行,还报错,和mdp通常就没太大关系了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-30 21:44:00 | 只看该作者 Only view this author
霜晨月 发表于 2017-9-30 12:23
你的log文件只有个开头啊?后面没了?
mdp里面,tc-grps 只设了一个 system,可能容易出问题吧。

嗯,这个只有这些输出。tc-grp要设置很多组么

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-30 22:35:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-30 14:50
在这个NPT模板文件上恰当修改然后跑再试,这是比较通用的mdp
死活LINCS解决不了,就把步长减小到1fs ...

Sob大神,我在原来的mdp的基础上直接调整步长为1fs,就work了,没有报类似的错误,这个是怎么回事,感觉太奇怪了。不知道我原来的mdp有没有问题,我的tc-grp只有system,不知道有没有问题。我把同样的体系采用amber做模拟,感觉和gromacs的结果不太一样,很奇怪。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-30 22:53:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-30 14:50
在这个NPT模板文件上恰当修改然后跑再试,这是比较通用的mdp
死活LINCS解决不了,就把步长减小到1fs ...

不好意思,sob大神,看来我乐观估计了,现在即使换成了1fs的步长,任务还是死了,类似的错误。我看了几帧结构,发现盒子都已经散了,溶剂分子全部散开了,不知道是怎么回事。

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发表于 Post on 2017-10-1 14:05:42 | 只看该作者 Only view this author
lujun 发表于 2017-9-30 22:53
不好意思,sob大神,看来我乐观估计了,现在即使换成了1fs的步长,任务还是死了,类似的错误。我看了几帧 ...

拓扑文件有问题的可能性较大
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-1 22:26:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-1 14:05
拓扑文件有问题的可能性较大

这个top文件是直接用amber的top生成的,用acpype.py脚本生成的。结构是用packmol搭出来的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-1 23:54:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-1 14:05
拓扑文件有问题的可能性较大

对了,sob大神,向你请教一下,在做MD的时候,是不是一定要跑nvt后才能跑npt的md。我是直接跑完能量最小化后跑npt的MD,这样会不会有问题。

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发表于 Post on 2017-10-2 12:07:47 | 只看该作者 Only view this author
lujun 发表于 2017-10-1 23:54
对了,sob大神,向你请教一下,在做MD的时候,是不是一定要跑nvt后才能跑npt的md。我是直接跑完能量最小 ...

nvt npt的选择没那么多限制
npt是为了平衡到合理的密度
起始结构很不合理时的控压效果可能不好,最终达到稳定会浪费更多时间

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