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[Gaussian/gview] 研究OH-与C2H5Br的反应,BOMD的使用问题

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发表于 2015-1-26 23:52:45 | 显示全部楼层 |阅读模式
我想研究OH- 与C2H5Br 反应,反应要这样进行:(OH- 带一个负电荷,C2H5Br是中性)
OH- 在远处(7埃)以一定的速度垂直进攻OH- 与C2H5Br 的2,3,4三原子所在平面的中心,
请问Gaussian的BOMD该如何设置?
1. C2H5Br 的坐标是不是要完全固定?
2.  OH- 负离子沿着上述进攻方向的 速度的大小和方向该如何设置?或特定方向上的动能该如何设置?
3. 虚原子需要设置吗?


谢谢大家!
下面是我初步构建的模型坐标:
%chk=bomd.chk
%nprocshared=8
%mem=1GB
#p b3lyp/6-31g(d) BOMD(stepsize=10000)

Title Card Required

-1 1
C              
H                  1    1.07000000
H                  1    1.07000000    2  109.47125056
H                  1    1.07000000    2  109.47121818    3 -120.00001381    0
C                  1    1.54000000    2  109.47120268    4 -120.00000086    0
H                  5    1.07000000    1  109.47120273    2   59.99994357    0
H                  5    1.07000000    1  109.47123153    2  -60.00004879    0
Br                 5    1.91000000    1  109.47120286    2  180.00000000    0
X                  1            B1    2            A1    5            D1    0
O                  9            B2    4            A2    1            D2    0
H                 10            B3    4            A3    1            D3    0

   B1             2.00000000
   B2             5.00000000
   B3             0.96000000
   A1            70.52879850
   A2           148.45516287
   A3           171.36546756
   D1           180.00000000
   D2           180.00000000
   D3          -180.00000000

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发表于 2015-1-27 02:22:38 | 显示全部楼层
这种情况应该用笛卡尔坐标。否则方向没法控制。

ReadVelocity可以为每个原子定义初始速度的x,y,z分量,应当让速度矢量的方向正好是OH的质心和平面中心连线的方向。详见手册里BOMD关键词的格式。

用不着虚原子。

可以先用半经验方法做BOMD,由于速度很快所以可以反复尝试,等设定没问题后再改回DFT。

也可以用ADMP来做,输入格式更简洁清楚
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 楼主| 发表于 2015-1-27 08:54:33 | 显示全部楼层
谢谢sobereva老师,我这就去试试!

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发表于 2016-1-8 13:35:47 | 显示全部楼层
请教sob老师 一般的admp或者bomd用来研究多个化合物分子(3-4)个混合进行反应的话 总的模拟时间在什么数量级为好?
步长为0.1fs

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发表于 2016-1-8 18:01:35 | 显示全部楼层
smutao 发表于 2016-1-8 13:35
请教sob老师 一般的admp或者bomd用来研究多个化合物分子(3-4)个混合进行反应的话 总的模拟时间在什么数量 ...

还是看具体反应,也得反复多次测试。一般AIMD模拟都是在十几、几十ps的长度。BOMD的话步长没必要那么小
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发表于 2016-1-8 18:05:42 | 显示全部楼层
BOMD和AIMD有什么区别呢?

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发表于 2016-1-8 19:38:09 | 显示全部楼层
Aesar 发表于 2016-1-8 18:05
BOMD和AIMD有什么区别呢?

BOMD是AIMD中的一种实现
AIMD算法常用的有BOMD、CPMD,以及高斯独有的ADMP
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发表于 2016-1-8 20:54:43 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2016-1-8 18:01
还是看具体反应,也得反复多次测试。一般AIMD模拟都是在十几、几十ps的长度。BOMD的话步长没必要那么小

好的 谢谢sob老师

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发表于 2016-1-9 09:14:42 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2016-1-8 19:38
BOMD是AIMD中的一种实现
AIMD算法常用的有BOMD、CPMD,以及高斯独有的ADMP

感谢老师的解答

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发表于 2019-3-16 00:19:28 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2016-1-8 19:38
BOMD是AIMD中的一种实现
AIMD算法常用的有BOMD、CPMD,以及高斯独有的ADMP

sob老师,有的文章中出现FPMD(first principles molecular dynamics), 这个和AIMD是一个意思吗?

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发表于 2019-3-16 07:23:06 | 显示全部楼层
fsh 发表于 2019-3-16 00:19
sob老师,有的文章中出现FPMD(first principles molecular dynamics), 这个和AIMD是一个意思吗?

FPMD这个词很少用
和AIMD一般是指同一回事
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发表于 2019-3-16 09:44:22 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-3-16 07:23
FPMD这个词很少用
和AIMD一般是指同一回事

嗯嗯,谢谢老师解答
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