关于Gromacs 拓扑文件转换成 Amber prmtop的问题

azero · 发表于 Post on 2017-10-11 09:35:29

用Gromacs跑了个蛋白-小分子的模拟
然后想利用GMXPBSAtool进行丙氨酸扫描
GMXPBSAtool 的manual中说到小分子进行丙氨酸扫描需要对力场修改。。。但捣鼓很久都没弄好
于是打算转换成amber格式，再利用amber进行分析

轨迹用catdcd转换好了
小分子的 prmtop在 acpype.py创建GAFF时已存在
但(蛋白-小分子-solve)的prmtop不知该怎么生成，求指导~

beyond · 发表于 Post on 2017-10-11 18:14:48

top文件转换可以试一下amber的parmed，我试过从amber的prmtop和inpcrd转到gmx的top与gro，
反过来，不知道就不知道支持不，不过可以试试

#!/usr/bin/python

import parmed as pmd

#convert prmtop and inpcrd into top and gro
amber = pmd.load_file('mol_sol.prmtop','mol_sol.inpcrd')
#
amber.save('mol_sol.top')
amber.save('mol_sol.gro')

azero · 发表于 Post on 2017-10-12 09:15:10

beyond 发表于 2017-10-11 18:14
top文件转换可以试一下amber的parmed，我试过从amber的prmtop和inpcrd转到gmx的top与gro，
反过来，不知道 ...

反过来不行。。但还是谢谢了

冷血 · 发表于 Post on 2019-8-26 11:04:28

你好，我想请教一下，如何把gromacs下的.pdb转化为amber下的mdcrd？？

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-27 00:47:48

冷血发表于 2019-8-26 11:04
你好，我想请教一下，如何把gromacs下的.pdb转化为amber下的mdcrd？？

VMD就可以，保存文件时候选成相应格式

冷血 · 发表于 Post on 2019-8-27 09:04:22

sobereva 发表于 2019-8-27 00:47
VMD就可以，保存文件时候选成相应格式

好的，我试试，谢谢老师

冷血 · 发表于 Post on 2019-8-28 17:11:47

你好，我想请教一下，已经拥有了.mdcrd如何生成prmtop和.inpcrd

冷血 · 发表于 Post on 2019-8-28 17:12:46

sobereva 发表于 2019-8-27 00:47
VMD就可以，保存文件时候选成相应格式

老师，你好，转化好了之后，我应该如何生成相应的.prmtop和.inpcrd呢？

puzhongji · 发表于 Post on 2019-8-28 18:15:15

parmed了解一下
https://github.com/ParmEd/ParmEd

格式随便转

冷血 · 发表于 Post on 2019-8-28 21:37:33

puzhongji 发表于 2019-8-28 18:15
parmed了解一下
https://github.com/ParmEd/ParmEd

谢谢大佬

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-8-30 19:16:25

另一方面你要是用的东西是amber立场可以在leap里直接载入pdb 然后直接写prmtop和inpcrd

source leaprc.protein.ff14SB
source leaprc.lipid17
source leaprc.water.tip3p
Protein = loadPdb amber.pdb
saveamberparm Protein amber.prmtop amber.inpcrd

冷血 · 发表于 Post on 2019-11-13 14:29:03

wuzhiyi 发表于 2019-8-30 19:16
另一方面你要是用的东西是amber立场可以在leap里直接载入pdb 然后直接写prmtop和inpcrd

source leapr ...

歇息

冷血 · 发表于 Post on 2019-11-13 14:29:34

wuzhiyi 发表于 2019-8-30 19:16
另一方面你要是用的东西是amber立场可以在leap里直接载入pdb 然后直接写prmtop和inpcrd

source leapr ...

谢谢

zheny1379 · 发表于 Post on 2020-12-15 23:30:24

azero 发表于 2017-10-12 09:15
反过来不行。。但还是谢谢了

反过来可以 parmed可以将gmx top 转化成amber的prmtop

kekexili_08 · 发表于 Post on 2025-7-24 22:26:05

为什么，我在 import parmed as pmd 时，会出现

bat1a:行3: import：未找到命令
bat1a:行6: 未预期的符号“(”附近有语法错误
bat1a:行6: `amber = pmd.load_file('solvated_cell.prmtop','solvated_cell.inpcrd')'

amber 生成 prmtop和inpcrd正常，用amber做MD似乎也正常（看不了轨迹文件， win下vmd看不了，linux下vmd闪退）

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