别人文章gromacs模拟问题咨询，谢谢指点

小范范1989 · 发表于 Post on 2017-10-16 17:00:21

背景：别人一个gromacs模拟描述如下。（图一，图二）
我现在有以下几个问题不明白，望老师指点一二。
1：他的整个模拟过程应该是em，eq和prod。eq和prod采用了不同的热浴和压浴。这个sob老师说过。但是，她整个过程没有进行周期性退火吧？只是单个的退火。这样能找到最小点吗？
我理解的退火过程是，高温跨过势垒，然后退到0K的时候，才找到极小点，也就是周期性退火，多少个0K，就有多少个极小点，通过比较极小点，选出最小点。
但是他的这个过程，没有到0K。是不是对了是真实实验对比？或者是其他方面考虑？
2：如果按照他这个过程模拟，最后选取结构，应该是对最后的那10ns进行了簇分析吧（我的猜测），然后选取了构型研究？或者是一些其他经常用的方法是什么？
3：我看按照他说的，她整过过程下来30ns左右吧。一般模拟都这个时间范围左右？这个时间是不是偏长？
4：最后一点，他的那20ns，其中前10ns和后10ns压浴和热浴的方式变了，这个在模拟过程中，是分开模拟前10ns，结束之后再进行后10ns，这样修改mdp文件。
还是说一个mdp文件，能够前10ns采用第一种方式，后10ns采用第二种方式？还是什么办法？

谢谢老师的指点。

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-16 17:53:29

1 一次非常缓慢变温的退火，原理上来说效果顶N多次快速变温的退火。她的降温算是很慢了

2 我对这具体结构是什么样不清楚，怎么选取结构也看具体体系、之后要干什么。

3 我不清楚这体系原子数，看着应该不大，30ns往往半天就跑完了。就算用更短模拟时间或许也能达到相同效果，但长了也没坏处，只会更稳妥。

4 两个mdp，中途切换了一次mdp继续跑。

小范范1989 · 发表于 Post on 2017-10-16 18:42:42

sobereva 发表于 2017-10-16 17:53
1 一次非常缓慢变温的退火，原理上来说效果顶N多次快速变温的退火。她的降温算是很慢了

2 我对这具体结 ...

谢谢sob老师指点。
就是用原子数大约为80的有机分子，模拟做个的薄膜。然后基于这个结构，再用QMMM的方法，来研究一个QM分子的光学性质等等、
一般这个MD模拟的结构，通过对最后的那10ns的团簇分析得到吗？找概率最大的？还是有什么更好的办法？
谢谢sob老师指点。

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-10-16 20:47:09

本帖最后由 fhh2626 于 2017-10-16 22:35 编辑

小范范1989 发表于 2017-10-16 18:42
谢谢sob老师指点。
就是用原子数大约为80的有机分子，模拟做个的薄膜。然后基于这个结构，再用QMMM的方 ...

模拟退火通常只能找到宽广的极小值点，对于高度有序的能量最小值通常是无能为力的（当然你这个情况这也够了）

讲究点的话我会用remd来获得较好的结构，一般情况下用多次退火的结构，懒人就直接长时间平衡模拟就行

然后取多个结构计算，得到所需要计算量的平均值

小范范1989 · 发表于 Post on 2017-10-16 21:04:24

fhh2626 发表于 2017-10-16 20:47
模拟退火通常只能找到宽广的极小值点，对于高度有序的能量最小值通常是无能为力的（当然你这个情况这也够 ...

谢谢老师指点，那我看看就用多次退火试试。
老师您说的这个“选取多个结构计算，得到平均结构”是什么意思？选取多帧，求一个平均值还是怎么弄呢？这个如何实现呢？
谢谢老师指点

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-10-16 22:34:39

本帖最后由 fhh2626 于 2017-10-16 22:36 编辑

小范范1989 发表于 2017-10-16 21:04
谢谢老师指点，那我看看就用多次退火试试。
老师您说的这个“选取多个结构计算，得到平均结构”是什么意 ...

口胡了，选取多个结构计算，得到所需要的量的平均值不过如果你还计划跑比较长时间的QM/MM计算的话，选取最稳定的结构做为下一步模拟的初始结构我觉得也行

小范范1989 · 发表于 Post on 2017-10-17 07:54:29

fhh2626 发表于 2017-10-16 22:34
口胡了，选取多个结构计算，得到所需要的量的平均值不过如果你还计划跑比较长时间的QM/MM计算的话，选取 ...

偶，好的，谢谢老师指点。

hnfn · 发表于 Post on 2018-8-18 14:54:00

楼主你好，我现在在用gromacs做水蒸气成核凝并的模拟，看了很多文献发现都需要退火处理，但是我写的.mdp文件跑了之后虽然没有error，但是显示有太多的warings，因此我想借鉴一一下你的退火.mdp文件可以么

小范范1989 · 发表于 Post on 2018-8-18 19:06:21

hnfn 发表于 2018-8-18 14:54
楼主你好，我现在在用gromacs做水蒸气成核凝并的模拟，看了很多文献发现都需要退火处理，但是我写的.mdp文 ...

annealing = single
annealing_npoints = 2
annealing_time = 0 100 ;ps
annealing_temp = 0 298.15

这是单次退火的例子

hnfn · 发表于 Post on 2018-8-18 21:21:27

小范范1989 发表于 2018-8-18 19:06
annealing = single
annealing_npoints = 2
annealing_time = 0 100 ;ps

不需要设置其它项么？比如integerator、ref-t之类的

sobereva · 发表于 Post on 2018-8-19 12:45:38

hnfn 发表于 2018-8-18 21:21
不需要设置其它项么？比如integerator、ref-t之类的

integrator默认就是md
ref-t对于用了退火设定时没有意义

hnfn · 发表于 Post on 2018-8-20 10:53:44

sobereva 发表于 2018-8-19 12:45
integrator默认就是md
ref-t对于用了退火设定时没有意义

好的谢谢老师

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