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[科研杂谈] 这种光影效果,需要什么装备

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如图:

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发表于 Post on 2017-11-2 13:22:07 | 只看该作者 Only view this author
我怎么感觉PyMOL刚打开的界面和这个效果有点像?

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发表于 Post on 2017-11-2 13:48:48 | 只看该作者 Only view this author
渲染静态图片而已,靠CPU就行,只要你愿意等,内存不是太小,五年前的集显机器足够了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-2 17:05:02 | 只看该作者 Only view this author
ChrisZheng 发表于 2017-11-2 13:22
我怎么感觉PyMOL刚打开的界面和这个效果有点像?

还真有点像哎,没用过这个PM,真能搞出那种效果吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-2 17:06:21 | 只看该作者 Only view this author
qwoop 发表于 2017-11-2 13:48
渲染静态图片而已,靠CPU就行,只要你愿意等,内存不是太小,五年前的集显机器足够了

谢谢了!这样动静就闹大了,你能省点吗?

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发表于 Post on 2017-11-3 10:16:27 | 只看该作者 Only view this author
用blender一下午搞定,我帮同学做过。

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发表于 Post on 2017-11-3 17:23:27 | 只看该作者 Only view this author
VMD里把display settings里的Shadows和Amb. Occl.都设成On,用内置的tachyon渲染器渲染,不到十秒钟就能出来类似效果,非常简单。


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-4 20:49:21 | 只看该作者 Only view this author
万里云 发表于 2017-11-3 10:16
用blender一下午搞定,我帮同学做过。

谢谢关注!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-4 21:52:24 | 只看该作者 Only view this author
win10 64上竟然装不上

vmd.jpg (53.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 38)

vmd.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-7 11:46:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hakuna 于 2017-11-7 11:48 编辑
sobereva 发表于 2017-11-3 17:23
VMD里把display settings里的Shadows和Amb. Occl.都设成On,用内置的tachyon渲染器渲染,不到十秒钟就能出 ...

再次感谢社长解惑,现在可以有投影效果了,但还是有个问题没解决,如果是描述表面吸附的话,吸附物原子与表面原子间如果成键的话,怎么定义让它显示出来(如图中蓝色小球与下面的两个大的黄色球)?
我做图时是这么干的:表面原子定义成VDW,表面上的原子定义成CPK(各类原子分别定义,能一起定义吗?),然后再定义一个“bonded”,但此时只有吸附物原子有键连,吸附物原子与表面则没有,如果要把这个也显示出来,该怎么玩儿?谢谢!

vmdscene.1.jpg (105.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

vmdscene.1.jpg

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发表于 Post on 2017-11-7 12:54:39 | 只看该作者 Only view this author
pymol 应该可以。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-7 16:41:38 | 只看该作者 Only view this author
abdoman 发表于 2017-11-7 12:54
pymol 应该可以。

感谢关注!上面有位社员提到过pymol,所以查了一下有关pymol的信息,一来安装稍繁,二来不支持vasp的结构格式,所以就没再深入,而VMD可以直接读取vasp结构文件,所以就鼓捣了一下,现在知道怎么去作图并渲染了,就是有点如上面描述的小问题,需要完美一下

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发表于 Post on 2017-11-9 15:34:58 | 只看该作者 Only view this author
hakuna 发表于 2017-11-7 11:46
再次感谢社长解惑,现在可以有投影效果了,但还是有个问题没解决,如果是描述表面吸附的话,吸附物原子与 ...

比如吸附物原子与金属原子成键的两个原子序号分别是2和8,你就定义一个新的rep,内容是index 2 8,然后设bond显示方式。在VMD里可以用主界面里的mouse - add/remove bonds,然后点击两个原子让它们成键。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-23 18:57:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hakuna 于 2017-11-23 18:59 编辑
sobereva 发表于 2017-11-9 15:34
比如吸附物原子与金属原子成键的两个原子序号分别是2和8,你就定义一个新的rep,内容是index 2 8,然后设 ...

非常感谢指导!
鼓捣了好长时间,也把VMD换成了最新版本,没搞定
定义了rep,内容是两原子编号:index  5  11
键类型试了好几种,可就是不出来
mouse---add/remove bonds后,还是不出来,倒是表面原子间会有链接(也不是都会连起来),吸附物原子与表面间就是不行。搜了个VMD教程,也没见到讲这问题的
难道还有什么技巧?如果原子显示方式不同就不能连键吗?操作过程抓了个视频附件了

bond.avi

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发表于 Post on 2017-11-25 17:30:41 | 只看该作者 Only view this author
hakuna 发表于 2017-11-23 18:57
非常感谢指导!
鼓捣了好长时间,也把VMD换成了最新版本,没搞定
定义了rep,内容是两原子编号:ind ...

选mouse---add/remove bonds之后,用鼠标精确点击两个原子的中心位置,它们之间肯定会成键的(line、bonds、CPK等方式都可以显示键)
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