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[新手求助] bsse校正

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我看了这个帖子http://sobereva.com/46,按照那样的方法经过bsse校正后最后结果会出现以下几个量:Counterpoise corrected energy                    BSSE energy                  
sum of monomers
           complexation energy (raw)
           complexation energy   (corrected)
1.想问一下这几个量的物理意义是什么呢 分别代表什么呀?

2.  我算的是两个分子的复合物,分子间的相互作用能是不是对应 complexation energy   (corrected)对应的值呢?
3.sum of monomers 对应的指的是什么呢?我分别在与复合物所用的方法和基组一样的情况下,计算了这两个单体,然后把它们的scf能量相加,和这个值不相等呢
谢谢老师!


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发表于 Post on 2015-1-29 22:28:46 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2015-1-30 00:51:17 | 只看该作者 Only view this author
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我不知道你的这几项输出信息来自什么程序,关系应当为
BSSE energy:帖子里的E_BSSE
sum of monomers:帖子里的E(A)+E(B)
complexation energy (raw):帖子里的E_AB  (订正:应当是E_AB-E(A)-E(B))
complexation energy (corrected):帖子里的E_corrected  (订正:应当是E_corrected -E(A)-E(B))

这些量在帖子里都详述了

3 只有HF/DFT才应当取SCF能量。计算单体时所用结构一定要和复合物里相同方可和程序直接输出的sum of monomers对应上。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-1-30 08:50:35 | 只看该作者 Only view this author

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-1-30 09:05:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-30 00:51
1
我不知道你的这几项输出信息来自什么程序,关系应当为
BSSE energy:帖子里的E_BSSE

老师,我用的是gauss程序计算的, =   -3001.683052449334
                   BSSE energy =       0.003351597564
               sum of monomers =   -3001.668895094882
           complexation energy =     -10.99 kcal/mole (raw)
           complexation energy =      -8.88 kcal/mole (corrected)
这是数据计算,帖子里说Counterpoise corrected energy对应E_corrected        BSSE energy对应E_BSSE
您说 sum of monomers对应帖子里的E(A)+E(B)    我计算的结果:  Counterpoise corrected energy- sum of monomers 正好等于  complexation energy =      -8.88 kcal/mole (corrected)所以我得出结论: complexation energy =      -8.88 kcal/mole (corrected)是复合物的相互作用能。 对吗?

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发表于 Post on 2015-1-30 09:09:51 | 只看该作者 Only view this author
小菜鸟求关照 发表于 2015-1-30 09:05
老师,我用的是gauss程序计算的, =   -3001.683052449334
                   BSSE energy =       0.0 ...

前面的回帖我写错了,把complexation看成complex了
你的情况,complexation energy =      -8.88 kcal/mole就是考虑了BSSE校正后的相互作用能。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-1-30 09:17:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-30 09:09
前面的回帖我写错了,把complexation看成complex了
你的情况,complexation energy =      -8.88 kcal/m ...

嗯呢,1.一般无论对何种体系来说,用gauss程序计算的结果complexation energy =      -8.88 kcal/mole就是考虑了BSSE校正后的相互作用能吗?
2.sum of monomers 指的是A和B在孤立状态下经过优化后的能量之和,还是说单体处在复合物状态下的结构的能量之和呢?

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发表于 Post on 2015-1-30 09:58:16 | 只看该作者 Only view this author
小菜鸟求关照 发表于 2015-1-30 09:17
嗯呢,1.一般无论对何种体系来说,用gauss程序计算的结果complexation energy =      -8.88 kcal/mole就 ...

1 对

2 后者。高斯不会自动去优化单体结构
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-1-30 10:33:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-30 09:58
1 对

2 后者。高斯不会自动去优化单体结构

E_corrected -E(A)-E(B)
E_A  E_B  应该是孤立状态下结构的能量,这样的近似对结果是不是有影响呢?相差还挺大的

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发表于 Post on 2015-1-30 10:49:07 | 只看该作者 Only view this author
小菜鸟求关照 发表于 2015-1-30 10:33
E_corrected -E(A)-E(B)
E_A  E_B  应该是孤立状态下结构的能量,这样的近似对结果是不是有影响呢?相差 ...

取孤立状态下单体的能量,还是复合物状态下单体的能量,不是是否近似的问题,而是要研究什么的问题。此
此帖有相关讨论
http://bbs.keinsci.com/thread-574-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-1-30 10:52:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-30 10:49
取孤立状态下单体的能量,还是复合物状态下单体的能量,不是是否近似的问题,而是要研究什么的问题。此
...

嗯呢 谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-30 15:21:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-30 10:49
取孤立状态下单体的能量,还是复合物状态下单体的能量,不是是否近似的问题,而是要研究什么的问题。此
...

请问老师:1:如何计算不考虑bsse校正的A+B二聚体的相互作用能呢?
2:通过gaussview看到能量是log文件里的哪一种能量呢?
谢谢老师!

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发表于 Post on 2015-3-30 17:40:41 | 只看该作者 Only view this author
小菜鸟求关照 发表于 2015-3-30 15:21
请问老师:1:如何计算不考虑bsse校正的A+B二聚体的相互作用能呢?
2:通过gaussview看到能量是log文件 ...

1 直接算AB的能量,然后减去A、B单体的能量
2 不建议用gview来看,应当自己阅读输出文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-30 19:37:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-3-30 17:40
1 直接算AB的能量,然后减去A、B单体的能量
2 不建议用gview来看,应当自己阅读输出文件

请问老师,此时AB的能量和A B单体的能量取log文件中Sum of electronic and zero-point Energies=          -2901.407022
Sum of electronic and thermal Energies=             -2901.403684
Sum of electronic and thermal Enthalpies=           -2901.402739
Sum of electronic and thermal Free Energies=        -2901.433274
这几个哪个能量呢?
谢谢老师!

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发表于 Post on 2015-3-30 21:09:14 | 只看该作者 Only view this author
不要去做振动分析,对计算相互作用能没意义,还白费时间。
你列出的都是热力学数据,相互作用能的计算一般都是用电子能量求差值。直接做单点,取最后输出的能量即可。
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