Hamiltonian REMD

fantasticqhl

需要用这个方法跑一个H-REMD，我的体系是一个六聚体的多肽（每条链的序列相同）。
在水中用H-REMD的方法模拟，其中每条链与本身的interactions不需要scale down，
而紧紧是链与链之间的interactions需要scale down。 现在对于这样的要求不知道该如何实现。

另外参看了文献  Hamiltonian replica-exchange in Gromacs: a flexible implementation,
也不太清楚如何设定hot region 和 cold region，特别是该如何体现在mdp文件中呢？

之前好像也看到哪位网友说过，在新版的Gromacs里面，调用H-REMD比较灵活了，需要注意一些事情。
只是帖子找不到了！

欢迎各位给提提建议，十分感谢！

fantasticqhl

目前在PLUMED找到了一个教程，等我跑成功了，我再在这上面更新一下！