搜索过渡态时出现固定原子坐标的问题

華華 · 发表于 Post on 2017-11-18 20:24:30

进行过渡态搜索的时候，我的生成物都是从反应物的构型复制过来的基础上改动再进行优化的，但是在搜索过渡态时出现了“Fixed atom coordinate mismatch Fixed atom coordinates should match to within 0.00010”的错误，不知道哪里出了问题。希望大神们可以帮忙解决一下！！！

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-11-19 06:45:22

输入文件？

華華 · 发表于 Post on 2017-11-19 10:22:51

liyuanhe211 发表于 2017-11-19 06:45
输入文件？

就是用反应物和产物构建通道时出现错误，构建不了，不知道是哪一步出现了问题

卡开发发 · 发表于 Post on 2017-11-21 08:27:23

華華发表于 2017-11-19 10:22
就是用反应物和产物构建通道时出现错误，构建不了，不知道是哪一步出现了问题

看看两个固定部分的重心的坐标差的多不多。不多的话直接把一个结构的固定部分删掉，把另一个结构的固定部分直接贴过来，然后重新做一下优化，时间应该不会很久。

華華 · 发表于 Post on 2017-11-21 18:51:44

卡开发发发表于 2017-11-21 08:27
看看两个固定部分的重心的坐标差的多不多。不多的话直接把一个结构的固定部分删掉，把另一个结构的固定部 ...

好的，我试试，谢谢老师解答

jyl448584903 · 发表于 Post on 2020-4-27 16:57:14

老哥你解决了吗我问题和你一样

華華 · 发表于 Post on 2020-6-2 18:32:06

jyl448584903 发表于 2020-4-27 16:57
老哥你解决了吗我问题和你一样

就是按照上面发发老师提到的方法重新优化的结构，就没有问题了

JDCooper · 发表于 Post on 2020-8-27 21:17:29

卡开发发发表于 2017-11-21 08:27
看看两个固定部分的重心的坐标差的多不多。不多的话直接把一个结构的固定部分删掉，把另一个结构的固定部 ...

老师您好，我查看了两个固定部分的坐标是一样的，但还是提示不一样，这是为什么呢？

卡开发发 · 发表于 Post on 2020-8-28 00:32:12

JDCooper 发表于 2020-8-27 21:17
老师您好，我查看了两个固定部分的坐标是一样的，但还是提示不一样，这是为什么呢？

直角坐标检查下来都一样？误差要求1e-3以内。

JDCooper · 发表于 Post on 2020-8-28 09:27:58

卡开发发发表于 2020-8-28 00:32
直角坐标检查下来都一样？误差要求1e-3以内。

对的我用DMol3优化结构的时候固定了直角坐标

卡开发发 · 发表于 Post on 2020-8-28 09:49:36

JDCooper 发表于 2020-8-28 09:27
对的我用DMol3优化结构的时候固定了直角坐标

要不然你把两个结构的outmol发来我看下。

龙锋 · 发表于 Post on 2020-10-17 15:36:10

華華发表于 2020-6-2 18:32
就是按照上面发发老师提到的方法重新优化的结构，就没有问题了

直接复制过去就可以了？

華華 · 发表于 Post on 2020-10-26 15:23:02

龙锋发表于 2020-10-17 15:36
直接复制过去就可以了？

需要再优化一下

Himamy · 发表于 Post on 2021-7-10 17:26:13

卡开发发发表于 2017-11-21 08:27
看看两个固定部分的重心的坐标差的多不多。不多的话直接把一个结构的固定部分删掉，把另一个结构的固定部 ...

老师，要是重心坐标相差较大，怎么办

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-7-10 20:39:35

Himamy 发表于 2021-7-10 17:26
老师，要是重心坐标相差较大，怎么办

要不看看想办法平移一下试试。

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