请问分子动力学的MAXD计算

wcz2008 · 发表于 Post on 2017-11-21 09:39:44

sob老师，看到文献中分子动力学部分中列出了root-mean-square-deviation (RMSD)
和 maximum bond length deviation (MAXD) 的值（如下图），拜读了您的帖子http://sobereva.com/290，得知RMSD可以通过VMD得到，请问如何计算MAXD？谢谢

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-11-21 15:15:20

你这个说的是键长的最大偏差值
从你的截图这一段看不出是距离平衡位置的最大偏差值还是两个分子间某个键的偏差值

wcz2008 · 发表于 Post on 2017-11-21 16:17:22

fhh2626 发表于 2017-11-21 15:15
你这个说的是键长的最大偏差值
从你的截图这一段看不出是距离平衡位置的最大偏差值还是两个分子间某个键的 ...

正文中只有这么一段话，以下是Supporting Information中的相关图，麻烦您帮忙看看，谢谢

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-11-21 16:30:15

wcz2008 发表于 2017-11-21 16:17
正文中只有这么一段话，以下是Supporting Information中的相关图，麻烦您帮忙看看，谢谢

似乎第一个图是两个分子之间的RMSD，第二个图是两个分子之间键长差别的最大值

wcz2008 · 发表于 Post on 2017-11-21 17:38:56

fhh2626 发表于 2017-11-21 16:30
似乎第一个图是两个分子之间的RMSD，第二个图是两个分子之间键长差别的最大值

可能是，那请问您第二个图的数据是如何得到呢，谢谢

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-11-21 22:01:08

wcz2008 发表于 2017-11-21 17:38
可能是，那请问您第二个图的数据是如何得到呢，谢谢

统计两个分子之间对应的键长之差，然后取最大值就行了啊

wcz2008 · 发表于 Post on 2017-11-22 15:12:24

fhh2626 发表于 2017-11-21 22:01
统计两个分子之间对应的键长之差，然后取最大值就行了啊

谢谢，这个分子比较复杂，相应的键也很多，30ps的构型，如果每一个都手动统计太困难了，您是否知道有没有相关的程序之类的

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-11-22 16:19:19

wcz2008 发表于 2017-11-22 15:12
谢谢，这个分子比较复杂，相应的键也很多，30ps的构型，如果每一个都手动统计太困难了，您是否知道有没有 ...

写个vmd脚本就行，遍历每一帧和每个对应的键

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