Amber16安装，其他功能正常，MMPBSA无法运行，求教

ChaosChiao · 发表于 Post on 2017-11-22 10:15:29

请教各位老师：

安装的amber16可以使用Pmemd，cpptraj等模块。但MMPBSA无法运行。
报错如下：
ImportError: Could not import Amber Python modules. Please make sure you have sourced /public/software/amber16/amber.sh (if you are using sh/ksh/bash/zsh) or /public/software/amber16/amber.csh (if you are using csh/tcsh)
amber.sh 已经source了啊
而且python路径也指定了
这是MMPBSA.py开头的内容：
#!/public/software/apps/python/2.7.12/bin/python

"""
MMPBSA.py is a script for performing (M)olecular (M)echanics

我的python路径：
[root@node13 bin]# which python
/public/software/apps/python/2.7.12/bin/python

其他模块正常：
[root@node13 bin]# cpptraj

CPPTRAJ: Trajectory Analysis. V16.00
___ ___ ___ ___
| \/ | \/ | \/ |
_|_/\_|_/\_|_/\_|_

| Date/time: 11/22/17 10:12:57

请问这个问题是出在哪里了？
感谢各位老师

ChaosChiao · 发表于 Post on 2017-11-22 13:37:54

已解决问题。
原因是amber下的site-package与python的site-package路径不一致，将amber的site-package内容复制到python下可解决问题。

qq8942128 · 发表于 Post on 2017-12-14 18:06:48

ChaosChiao 发表于 2017-11-22 13:37
已解决问题。
原因是amber下的site-package与python的site-package路径不一致，将amber的site-package内容 ...

您好，我也出现了这样的问题，请问一下amber下的site-package在哪？Python的site-package在哪？

beyond · 发表于 Post on 2017-12-15 18:30:27

建议在安装amber的时候，也安装amber自己的python，使用的时候就直接用amber.python，一般就不会出现问题了

qq8942128 · 发表于 Post on 2018-1-1 21:01:44

最近发现一个可以很好的解决这个问题的办法，每次使用mmpbsa的时候，先source /home/User/amber16/amber.sh 就可以使用了希望可以给新手一点帮助

tt123456 · 发表于 Post on 2018-11-7 09:23:43

qq8942128 发表于 2018-1-1 21:01
最近发现一个可以很好的解决这个问题的办法，每次使用mmpbsa的时候，先source /home/User/amber16/amber.sh ...

只要source就可以了吗？

kunkun · 发表于 Post on 2018-11-30 10:14:59

编译的时候加上 --with python = $your_python_path 即可

qyf · 发表于 Post on 2019-12-2 00:08:51

把amber.sh的内容复制到/etc/profile文件里面，然后source重启应该也行吧

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[Amber] Amber16安装，其他功能正常，MMPBSA无法运行，求教

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