配GPU就不需要CPU配置很好了吗？

linda091021 · 发表于 Post on 2017-11-23 18:13:06

如题，跑gromacs分子动力学模拟，配1080TI，CPU有必要配22核心吗，还是10核心就够了。机器的性能与cpu性能有多大关系？

ChaosChiao · 发表于 Post on 2017-11-24 10:35:59

我觉得没太大关系，CPU主频比核心数更重要。

hanshan · 发表于 Post on 2017-11-24 13:40:06

主频乘以核心数最重要

linda091021 · 发表于 Post on 2017-11-24 13:41:46

hanshan 发表于 2017-11-24 13:40
主频乘以核心数最重要

我现在按照相乘大于40，要求供货的，但是根据之前的测试，cpu性能好到一定程度，GPU加速不明显了，我在想还有必要配gpu吗。

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-25 12:25:50

就一个1080Ti，单路2696v3/v4足矣
GPU加速跑MD远比用CPU性价比高得多

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-25 12:28:30

ChaosChiao 发表于 2017-11-24 10:35
我觉得没太大关系，CPU主频比核心数更重要。

在“主频乘以核心数”大致相同的情况下，主频才更重要。
高频CPU溢价极高，用高频但核心数少的CPU会吃亏巨大。

linda091021 · 发表于 Post on 2017-11-25 22:26:48

sobereva 发表于 2017-11-25 12:25
就一个1080Ti，单路2696v3/v4足矣
GPU加速跑MD远比用CPU性价比高得多

好的，所以可以2个1080ti配两路2696？

linda091021 · 发表于 Post on 2017-11-25 22:27:16

sobereva 发表于 2017-11-25 12:28
在“主频乘以核心数”大致相同的情况下，主频才更重要。
高频CPU溢价极高，用高频但核心数少的CPU会吃 ...

学习了~
谢谢sob大大！

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-26 11:37:51

linda091021 发表于 2017-11-25 22:26
好的，所以可以2个1080ti配两路2696？

可以

beyond · 发表于 Post on 2017-11-26 20:28:00

如果是用Gromacs跑MD的话，cpu还是有影响的，因为MD过程中，有一部分还是用cpu计算的（nonbonded interactions），我每次用1个GPU，都要再用6-12个cpu同时计算。听说他们也在计划把cpu计算的这部分挪到GPU上去。而amber就是全部用GPU计算的。

linda091021 · 发表于 Post on 2017-11-28 11:37:01

beyond 发表于 2017-11-26 20:28
如果是用Gromacs跑MD的话，cpu还是有影响的，因为MD过程中，有一部分还是用cpu计算的（nonbonded interacti ...

我一直都有这个疑问，太感谢了！解决了长久以来的困惑！

plus · 发表于 Post on 2017-12-6 10:22:06

amber 的测试，和cpu关系不大
Exxact AMBER Certified 2U GPU Workstation
CPU = Dual x 8 Core Intel E5-2640v4 (2.2GHz), 64 GB DDR4 Ram
(note the cheaper E5-2620v4 CPUs would also give the same performance for GPU runs)

http://ambermd.org/gpus/benchmarks.htm

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