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[新手求助] 求助Interaction energies的计算方法

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本帖最后由 qianbao 于 2017-11-27 19:54 编辑

各位老师好,想咨询一下关于interaction energies的计算方法。我在读这篇文章:DOI: 10.1021/acs.chemmater.6b02930。文章中的有关于给、受体间的interaction energies的具体数值,但是我不知道怎么算出来的,想请教各位前辈老师。
以及在参考文献中的Table S1中的数值也不知道具体是怎样计算的。
谢谢各位老师前辈!

1.png (64.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 64)

图1

图1

微信截图_20171127194757.png (86.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 48)

图2

图2

微信截图_20171127194956.png (85.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 60)

图3

图3

微信截图_20171127195053.png (126.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 56)

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发表于 Post on 2017-11-27 20:12:59 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2017-11-27 20:14:23 | 只看该作者 Only view this author
整体能量减片段能量就是相互作用能,群里已经回复过了
各个能量成份需要做SAPT能量分解才能得到,看此文第10节
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-27 20:28:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-27 20:12
不是资源分享的帖子不要发到资源分享版,给你移动了

好的,老师,下次注意。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-27 20:29:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-27 20:14
整体能量减片段能量就是相互作用能,群里已经回复过了
各个能量成份需要做SAPT能量分解才能得到,看此文第 ...

好的,老师,我现在去用Multiwfn 试一试。谢谢老师!

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发表于 Post on 2017-11-28 11:20:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-27 20:12
不是资源分享的帖子不要发到资源分享版,给你移动了

借楼询问一下SOB老师,在Gaussian09 D01中加入counterpoise后,计算结果会包含如下信息:
Counterpoise corrected energy =    X1 Hartrees
                           BSSE energy =    X2 Hartrees
                    sum of monomers =   X3 Hartrees
                complexation energy =    X4 kcal/mole (raw)
                complexation energy =    X5 kcal/mole (corrected)   
(X4=(X1-X3-X2)*627.51;X5=(X1-X3)*627.51)
想和老师确认一下,在论文里提及相互作用能的时候,可以直接使用complexation energy (corrected) ,即X5这个数据吗(而不是用X1-两个单体孤立状态优化后的单点能之和)?我计算的体系中,相互作用的2个分子结构都比较刚性,没有构象特别复杂的部分;计算的目的是证实这2个分子确实有相互作用,并给出给出大致数值,这种相互作用很多前人已经发现并讨论过了,不需要再深入研究。

在这两个贴子里(http://sobereva.com/46http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &highlight=BSSE)的回答应该是肯定的,再和老师确认一下。

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发表于 Post on 2017-11-28 12:20:39 | 只看该作者 Only view this author
有楽 发表于 2017-11-28 11:20
借楼询问一下SOB老师,在Gaussian09 D01中加入counterpoise后,计算结果会包含如下信息:
Counterpoise ...

直接用X5
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发表于 Post on 2017-11-28 13:07:47 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢SOB老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-30 08:37:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-27 20:14
整体能量减片段能量就是相互作用能,群里已经回复过了
各个能量成份需要做SAPT能量分解才能得到,看此文第 ...

老师,我这里出现新的问题,请老师帮忙指点一下。
1.在片段一的输入文件中,这些是我的关键词:#p opt cam-b3lyp/6-31g(d) empiricaldispersion=gd3bj pop=full nosymm test
然后在Multiwfn手册中的4.1008小节的第(5)条是将#换成#P,我这之前就是#P是不是需要改正呀?
2.在出现新的new.gjf文件中,我的关键词是这样的#p opt cam-b3lyp/6-31g(d) empiricaldispersion=gd3bj nosymm test      
请问老师在这个gjf文件中它的下面一些极坐标需要删掉吗?
3. From NH3.out, BH3.out and new.out, following information can be found
E(NH3) = -56.184295 a.u.
E(BH3) = -26.368196 a.u.
老师,请问这个数据具体是在哪出现的呀?

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发表于 Post on 2017-11-30 15:50:43 | 只看该作者 Only view this author
qianbao 发表于 2017-11-30 08:37
老师,我这里出现新的问题,请老师帮忙指点一下。
1.在片段一的输入文件中,这些是我的关键词:#p opt c ...


cam-b3lyp对于算基态非常不适合,不要用
用单点任务,不要用opt
搞不清楚的你严格对照着examples\EDA目录下的文件去效仿着写。不知道数据从哪里读的就从那里面的输出文件里搜对应的数值
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-30 19:34:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-30 15:50
cam-b3lyp对于算基态非常不适合,不要用
用单点任务,不要用opt
搞不清楚的你严格对照着examples\EDA ...

好的,谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-30 20:52:09 | 只看该作者 Only view this author
qianbao 发表于 2017-11-30 08:37
老师,我这里出现新的问题,请老师帮忙指点一下。
1.在片段一的输入文件中,这些是我的关键词:#p opt c ...

Counterpoise corrected energy =  -11230.033561422610
                   BSSE energy =       0.039921224650
               sum of monomers =  -11230.057301719920
           complexation energy =     -10.15 kcal/mole (raw)
           complexation energy =      14.90 kcal/mole (corrected)
老师,这个X5和X4一个是正值一个是负值,是正常的吗?谢谢老师!

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发表于 Post on 2017-11-30 20:57:49 | 只看该作者 Only view this author
qianbao 发表于 2017-11-30 20:52
Counterpoise corrected energy =  -11230.033561422610
                   BSSE energy =       0.039 ...

不正常
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-1 08:40:40 | 只看该作者 Only view this author

老师,那请问 我该怎么修改呢?谢谢老师!

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发表于 Post on 2017-12-1 12:54:47 | 只看该作者 Only view this author
qianbao 发表于 2017-12-1 08:40
老师,那请问 我该怎么修改呢?谢谢老师!


没细节信息没法说。估计输入文件里有一些低级问题

比如算出来相互作用能是-10 kcal/mol,修正后变成-8.5 kcal/mol,这样是正常的。修正完了成了正值绝对有巨大问题。
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