vasp做过渡态经验<一>：NEB

fallleave · 发表于 Post on 2019-7-1 19:04:52

本帖最后由 fallleave 于 2019-7-1 19:11 编辑

Marineking 发表于 2019-7-1 14:13
我装了python3了，输入python-V 显示 python 3.7.3

1. 看一下是哪一行报错。把出错信息详细贴一下。
2. 看看nebinfo脚本里涉及到的几个python脚本是否都加了可执行权限。

Sping · 发表于 Post on 2019-7-12 05:23:48

把你的nebvtst.pl发我邮箱吗dong.tian@aliyun.com。我在您的脚本库里找到的是.py格式。我这有一个脚本，但是运行后不向您的例子里面那样输出NEB计算每一步每个image的信息。详见附件，谢谢。

飞翔的小猪 · 发表于 Post on 2019-9-25 09:17:35

请问楼楼，使用CI-NEB计算，在插入过渡态之后，初态的状态却发生了改变，这是为什么呢

飞翔的小猪 · 发表于 Post on 2019-9-25 09:48:13

求助，用CNEB方法进行过渡态插点，但00初态的文件会在插点后改变构型，这是为什么？

EuphoriantWorld · 发表于 Post on 2020-7-16 12:09:55

楼主您好，我在按您说的方法使用拟牛顿法后将CI-NEB中能量最高的结构优化回了末状态，请问是怎么回事？

张丽 · 发表于 Post on 2020-10-28 21:39:05

好帖，先码了

多次拒绝斯佳丽 · 发表于 Post on 2020-12-30 22:06:52

追翔少年发表于 2019-3-16 19:45
个人观点，我用VTST搜过渡态结果会很奇怪，后来经过人指点还是用VASP自带的CNEB工具才有所改善，我觉得VTST ...

麻烦请问一下，vasp自带的cneb就是不用vtst吧？那是不是就没必要设置LCLIMB=T呢？如果这样的话，还是CINEB吗？我感觉就成了NEB？还是您的意思只是优化方法用vasp优化器而不是vtst优化器呢？谢谢，因为我师弟之后会算到旋转的有机分子集团，特此问一下您

CCCCCCLEAR · 发表于 Post on 2021-1-12 20:05:34

请问sky老师，切线力是使用nebbarrier.pl所得到力的数值，而原子所受的力是nebef.pl所得到的数值吗？因为我们实验室目前服务器暂时不能装python3，您的nebvtst.pl脚本无法使用，只能使用vtst自带脚本，想区分一下您在此脚本中得到的切线力与原子所收到的力这两个概念。若能得到您的解惑将给我很大帮助，感谢！

Q-Chembio-llg · 发表于 Post on 2021-4-28 17:59:11

请问如何调用VASP自带的NEB呢？我们的VASP在学校服务器上，没法改动谢谢

夙雪夜归 · 发表于 Post on 2021-4-29 09:33:10

Q-Chembio-llg 发表于 2021-4-28 17:59
请问如何调用VASP自带的NEB呢？我们的VASP在学校服务器上，没法改动谢谢

可以看一下官网给的这个例子，自带的NEB其实就多了images和spring两个参数https://www.vasp.at/wiki/index.p ... t_adatom_on_fcc-Pt_(001):_Nudged_Elastic_Band_Calculation
插值的话可以直接用vaspkit的505功能

fight · 发表于 Post on 2022-2-28 10:12:08

sky 发表于 2017-12-8 13:48
跟NEB一样就行了

请问楼主，这个image跟过渡态很接近了，可以把它拿出来跑一个IBRION=1，那么INCAR的其他参数和结构优化一样还是和跑NEB的参数一样呀，不胜感激！

yydy · 发表于 Post on 2022-6-10 22:09:15

多次拒绝斯佳丽发表于 2020-12-30 22:06
麻烦请问一下，vasp自带的cneb就是不用vtst吧？那是不是就没必要设置LCLIMB=T呢？如果这样的话，还是CINE ...

设置CHAIN= 0时，CLINEB默认为T;要用NEB的话应该要改为F

QH1995 · 发表于 Post on 2022-6-12 18:06:11

能不能简单介绍一下IDPP插点法呢？目前我就是在IDPP插点法插入8个点，然后精度比较低（EDIFF = 1.0E-5, EDIFFG = -0.8）的粗算，再能量最高的两个点之间再插入5个点进行精度稍微高一点的计算（EDIFF = 1.0E-5, EDIFFG = -0.5），得到能量最高的那个点基本上就是我想要的过渡态

lyzhang · 发表于 Post on 2023-3-13 16:45:05

您好，请问过渡态计算收敛，但是没有虚频是为什么呢？增加收敛精度到E-7和-0.001后，有的结构出现了较小虚频，但是有的结构依然没有虚频，而且对照文献了路径没问题，

Nora · 发表于 Post on 2023-7-19 21:25:31

您好，我想问一下为什么计算之后发现CI-NEB不按照原来制定的路径走？

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