vasp做过渡态经验<二>：Dimer

不得不爱 · 发表于 Post on 2021-3-23 23:07:39

您好，我下载不到您的imagefreq.py脚本，请问您可以分享一个么，986830381@qq.com

csuhyy · 发表于 Post on 2022-1-25 10:08:57

非常感谢，我是INCAR里面加了IOPT=1（启用VASP的VTST优化方法），这样才能设置ICHAIN=2，不然无法正常运行任务，优化完后DIMECAR里面只显示了几步，后面每步的情况没显示，不知道是什么原因造成的，采用楼主的方法，70多离子步就收敛了，我现在在用VASP自带的dimer方法，也就是IBRION=44看效果怎么样，然后再对比用自己的设置方法，IBRION=1看看能不能将力收敛。

csuhyy · 发表于 Post on 2022-1-26 11:02:49

我使用VASP自带的dimer方法没法收敛，用IBRION=1的方法也是没法收敛，非常感谢大神的方法。另外我想请问下我的表面吸附模型力很难收敛，想采用LBFGS方法，请问这个怎么开启，是不是IOPT=1，然后IBRION=3，POTIM=0

csuhyy · 发表于 Post on 2022-1-30 09:09:31

gyy 发表于 2019-5-12 17:09
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那可能初始过渡态没有选好，可以消虚频来解决

csuhyy · 发表于 Post on 2022-1-30 09:55:38

自己的操作经历，加上自己的理解，dimer其实是一种消虚频的方法，这个前提是NEB或者CLNEB方法无法解决的时候才采用的。算过渡态的标准过程是，拿到初态和末态的构型，然后用NEB或者CLNEB的方法插点，一般情况是体系不太复杂，可以通过vasp的vtst优化方法获得过渡态，如果体系复杂，最后获得的过渡态可能有多个虚频，然后可以通过dimer的方法消虚频。我觉得大神有个地方没说清楚，使用dimer前，应该是排除反应路径的过渡态，消除其他方向的虚频，这个时候就需要通过大神说的制作Movie的方法来分析那些虚频是要消除的。然后大神说的dimer的参数设置应该分两类，一个是扭转的角度设置，一个是缩放比例的设置（虚频方向上的距离），ICHAIN=2应该就是说开始采用dimer的方法消除虚频，dimer一次根据个人理解应该是只能消除一个虚频，如果有多个虚频需要多次操作，不过最后根据经验和成本考虑，一般最多考虑消除两次，因为经过两次以上的消虚频，因为虚频产生的能量差不会超过3%。目前我的python版本是2.6的，大神提供的版本是3，里面的fremov.py脚本好像没法使用。

Jiongci-21 · 发表于 Post on 2022-3-1 13:44:19

本帖最后由 Jiongci-21 于 2022-3-1 13:48 编辑

我用 CINEB 跑了一个粗略的过渡态搜索，然后用 neb2dim.py 脚本生产了计算 Dimer 的文件，用默认生成的 MODECAR 以及 CINEB 跑出的能量最大的结构的 CONTCAR 跑了 Dimer (EDIFF = 1E-6, EDIFFG = -0.05)，结果力没收敛。请问会和 MODECAR 有关吗？

我给 CINEB 得到的能量最高的结构做频率计算，发现只有一个虚频，那我接下来怎么可以手动制作Dimer计算所需要的 MODECAR 呢？贴主的imagefre.py脚本我没找到。

chcnew · 发表于 Post on 2022-7-6 09:52:06

请问下各位，我手动将使用IBRION=5计算的振动模的特征向量提取到freq文件中，然后我用modemake.py freq文件，发现出现这个输出Input two POSCAR-type files，各位同学有没有遇到过这个问题，计算文件夹里有之前CL-NEB得到的可能的过渡态的结构，是一个结构文件

aidenma · 发表于 Post on 2022-8-26 09:44:31

chcnew 发表于 2022-7-6 09:52
请问下各位，我手动将使用IBRION=5计算的振动模的特征向量提取到freq文件中，然后我用modemake.py freq文件 ...

有两个，一个是modemake.py，一个是modemake.pl

Jovid · 发表于 Post on 2022-11-18 20:23:05

csuhyy 发表于 2022-1-26 11:02
我使用VASP自带的dimer方法没法收敛，用IBRION=1的方法也是没法收敛，非常感谢大神的方法。另外我想请问下 ...

请问您有对比启用VASP的VTST优化方法和 VASP自带的 Dimer的优化方法哪个效率高吗？

fight · 发表于 Post on 2023-3-20 15:23:26

郑明发表于 2020-6-19 16:29
请教dimer计算结束后，过渡态的能量选择哪个？

请问你解决了吗，可以分享一下经验吗，是不是最后过渡态的能量是dimer结束后，从OUTCAR提取的总能？

洛神991 · 发表于 Post on 2023-3-29 09:24:20

csuhyy 发表于 2022-1-30 09:55
自己的操作经历，加上自己的理解，dimer其实是一种消虚频的方法，这个前提是NEB或者CLNEB方法无法解决的时 ...

经过对此使用DIMER，我的看法和您一致。过渡态只有一个虚频，使用IBRION=44时，经常会导致结构跑散的情况。而有两个虚频时，则可以消除不需要的虚频，找到过渡态。

郑明 · 发表于 Post on 2023-4-13 12:33:40

fight 发表于 2023-3-20 15:23
请问你解决了吗，可以分享一下经验吗，是不是最后过渡态的能量是dimer结束后，从OUTCAR提取的总能？

是的

phoenix · 发表于 Post on 2023-5-14 19:48:45

小诗哥不屈服发表于 2019-9-19 15:18
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

我也遇到了类似的问题，请问您最后是怎么解决的？

phoenix · 发表于 Post on 2023-5-14 19:59:23

郑明发表于 2023-4-13 12:33
是的

我想请问您一下用freqmov.py的脚本的时候，目录下面都有什么文件啊，我一直显示这样的错误是不是因为我没有把OUTCAR文件放到这个目录里面啊？
Traceback (most recent call last):
File "freqmov.py", line 4, in <module>
from VASP import execCmd, CmdRrror
ModuleNotFoundError: No module named 'VASP'

郑明 · 发表于 Post on 2023-5-14 21:50:07

phoenix 发表于 2023-5-14 19:59
我想请问您一下用freqmov.py的脚本的时候，目录下面都有什么文件啊，我一直显示这样的错误是不是因为我没 ...

没有用过这个脚本，另外你复制一个OUTCAR到目录下不就能验证你的想法了吗。

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