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[GROMACS] 请问GMX轨迹平衡后计算出来的平均结构有意义吗?

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楼主
请问论坛的各位前辈,用gmx covar或者rmsf计算出来得平均结构有意义吗?我是想把轨迹平衡后的平均构象作为代表性构象放在图中,我觉得毕竟在轨迹中随着时间变化构象也存在着不断涨落的过程,所以计算出来平均结构,肯定是参考了均方涨落因子之后的结构,这样感觉具有代表性。但我问了好多人,都说这样的方法不合适。
请问各位前辈怎么看呢?

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发表于 Post on 2017-12-13 12:31:04 | 只看该作者 Only view this author
我是做藥物開發  跑蛋白配體MD模擬的碩班菜鳥
據我所知文獻上在討論結構的時候
都是直接用docking的結果來討論
MD軌跡得來的RMSD和RMSD
只是用來看蛋白配體間的距離以及結合區的重要殘基的位移變化
似乎不會特別去根據MD軌跡算出一個平均結構

而且邏輯上平均結構會很高機率破碎或形變吧(?

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3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-13 13:47:53 | 只看该作者 Only view this author
HarrisLin 发表于 2017-12-13 12:31
我是做藥物開發  跑蛋白配體MD模擬的碩班菜鳥
據我所知文獻上在討論結構的時候
都是直接用docking的結果 ...

谢谢前辈

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发表于 Post on 2017-12-13 13:50:45 | 只看该作者 Only view this author
平均结构没有丝毫物理意义,结构会严重变形。如果要取有代表性的结构,可以比如做簇分析,再从每个簇里取一帧
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-13 15:06:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-13 13:50
平均结构没有丝毫物理意义,结构会严重变形。如果要取有代表性的结构,可以比如做簇分析,再从每个簇里取一 ...

谢谢sob老师,簇分析是聚类分析吗?对小分子和蛋白的体系可以这样做吗?

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发表于 Post on 2017-12-13 16:55:05 | 只看该作者 Only view this author
jase20 发表于 2017-12-13 15:06
谢谢sob老师,簇分析是聚类分析吗?对小分子和蛋白的体系可以这样做吗?

用gmx cluster就可以做。可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-13 21:38:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-13 16:55
用gmx cluster就可以做。可以

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-3-17 04:44:51 | 只看该作者 Only view this author
这里也提到了!!
http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Average_Structure
an average structure from a simulation is not necessarily a physically meaningful structure

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