“第10届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班将于5月4-8日于北京举办，这是一次性完整、系统学习波函数分析的各种理论知识和全面掌握强大的Multiwfn波函数分析程序使用的最不可错过的机会！请点击此链接查看详情和报名方式，欢迎参加！

“第18届北京科音分子动力学与GROMACS培训班” 将于5月23-26日于北京举办。这是一次性全面、系统学习分子动力学模拟知识和最流行的分子动力学程序GROMACS的关键机会！报名正在进行中，请点击此链接查看详情，欢迎参加！

捐赠本论坛 (Donate this site)

开启辅助访问切换到宽版

计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › NAMD-xtb QM/MM interface

1 2 3 45 / 5 pages

返回列表 Return

发新帖

楼主 Author: fhh2626

打印 Print

上一主题 Last thread

下一主题 Next thread

[程序/脚本开发] NAMD-xtb QM/MM interface

[复制链接 Copy URL]

4 帖子	0 威望	155 eV

积分: 159

Level 3 能力者

发消息 Send PM

61^#

发表于 Post on 2025-3-29 17:46:31 | 只看该作者 Only view this author

付博士您好，用xtb描述QM区，是不是就不能使用colvars模块QM区进行增强采样了，我用NAMD_Git-2025-01-10_Linux-x86_64-multicore，对QM区原子用C-C距离作为CV进行 metadynamics时，cv一直在平衡距离波动，势阱超过30 kcal/mol还没跳出来，是不是目前的版本中colvars没法对QM区产生影响呢

回复 Reply

1175 帖子	7 威望	6906 eV

积分: 8221

Level 6 (一方通行)

发消息 Send PM

62^#

楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-31 11:24:33 | 只看该作者 Only view this author

xukw 发表于 2025-3-29 17:46
付博士您好，用xtb描述QM区，是不是就不能使用colvars模块QM区进行增强采样了，我用NAMD_Git-2025-01-10_Li ...

可以的。可能是MtD采样太慢了

回复 Reply

69 帖子	0 威望	1494 eV

积分: 1563

Level 5 (御坂)

发消息 Send PM

63^#

发表于 Post on 2025-11-22 04:40:37 | 只看该作者 Only view this author

Fu老师，如果想要只用XTB opt 对结构进行优化，是否只需要把MD的步数调整成一，然后xtb部分加上opt的关键词呢？

回复 Reply

1175 帖子	7 威望	6906 eV

积分: 8221

Level 6 (一方通行)

发消息 Send PM

64^#

楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-26 15:06:51 | 只看该作者 Only view this author

DwyaneWan 发表于 2025-11-22 04:40
Fu老师，如果想要只用XTB opt 对结构进行优化，是否只需要把MD的步数调整成一，然后xtb部分加上opt的关键词 ...

用NAMD的minimize命令

回复 Reply

1 2 3 45 / 5 pages

返回列表 Return

发新帖

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-4-14 17:24 , Processed in 0.278210 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list