怎样用ADMP计算单个分子的热稳定定性？

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-24 03:02:02

captain 发表于 2019-4-23 22:35
请教大神
想模拟一个溶液体系，里面包含几十个溶剂分子，这种情况下必须要设定热浴吗？
谢谢！

一般模拟都要设热浴，要不然模拟温度你没法控制

captain · 发表于 Post on 2019-4-24 08:49:22

sobereva 发表于 2019-4-24 03:02
一般模拟都要设热浴，要不然模拟温度你没法控制

好的多谢大神

wuyiyyyy · 发表于 Post on 2019-6-27 14:58:42

长颈鹿先森发表于 2018-9-11 22:03
sob老师，我利用gaussian中的关键词ADMP计算了一个分子在1000K时的热稳定性，结果发现Potential energy和 ...

请问您这两张图是怎么做出来的，新手

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-1 11:30:22

wuyiyyyy 发表于 2019-6-27 14:58
请问您这两张图是怎么做出来的，新手

gview - results

wuyiyyyy · 发表于 Post on 2019-7-8 13:02:48

sobereva 发表于 2019-7-1 11:30
gview - results

谢谢，我用Gview把分子在800K下模拟了400fs，发现随着时间gview里面的分子键有伸缩。部分键显示断开了，但是过了几fs又会连回去。尤其是苯环上的C-H键。
请问应该如何准确判断一个分子是否分解

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-8 18:09:57

wuyiyyyy 发表于 2019-7-8 13:02
谢谢，我用Gview把分子在800K下模拟了400fs，发现随着时间gview里面的分子键有伸缩。部分键显示断开了， ...

结构异构化，形成了其它分子之类

当前只是普通伸缩振动而已

wuyiyyyy · 发表于 Post on 2019-7-9 09:49:07

sobereva 发表于 2019-7-8 18:09
结构异构化，形成了其它分子之类

当前只是普通伸缩振动而已

谢谢老师，那我之前走了不少弯路；
我计算了一个有机小分子在2000K下的分解情况，一般分子肯定分了

#p b3lyp/6-31g* admp(maxpoints=400) IOp(1/80=1000000,1/81=10,1/82=2000)
会不会是maxpoints太小没有把反应过程反映完全呢
还是有其他什么原因

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-10 08:47:42

wuyiyyyy 发表于 2019-7-9 09:49
谢谢老师，那我之前走了不少弯路；
我计算了一个有机小分子在2000K下的分解情况，一般分子肯定分了
...

再多跑跑

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-10 09:03:54

我用PM6随便瞎跑了一个甲醛分解成CO+H2的例子，你可以参考一下。由于反应势垒很高，为了较短的时间内就能体现出裂解，温度设了很高

H2CO.rar (355.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 93)

jiayuhan · 发表于 Post on 2019-7-10 09:37:20

sobereva 发表于 2019-7-10 09:03
我用PM6随便瞎跑了一个甲醛分解成CO+H2的例子，你可以参考一下。由于反应势垒很高，为了较短的时间内就能体 ...

请问sob老师，我的做admp的轨迹结果是这样，请问这个分子在该温度下是稳定还是不稳定

？

wuyiyyyy · 发表于 Post on 2019-7-10 13:49:51

jiayuhan 发表于 2019-7-10 09:37
请问sob老师，我的做admp的轨迹结果是这样，请问这个分子在该温度下是稳定还是不稳定？

举个栗子，你可以用gview把老师的那个out文件打开，点左上角的播放，看分子的动态变化。可以看到两个氢原子飞出来变成氢气分子，有没有分解很明显啦。
而且我看到一些文献分解反应可能要几个ps，老师的栗子也是算到40多fs（5000K下）,你要多算几步，你应该用了默认的50步。
这段时间算下来感觉，用ADMP计算分子的分解过程是一个比较好的方法
但是要估计分解温度，计算量实在太大了。

wuyiyyyy · 发表于 Post on 2019-7-10 13:59:23

我有个想法是先用ADMP算出分子的分解产物，有了反应的原料和产物，再去推反应过程，得到反应的能垒。一般能垒越高，需要的温度越高，二者有直接的关系，再来推测反应温度。不知道这个想法大家觉得是否可行。

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-10 20:17:29

jiayuhan 发表于 2019-7-10 09:37
请问sob老师，我的做admp的轨迹结果是这样，请问这个分子在该温度下是稳定还是不稳定？

看曲线太抽象，直接看轨迹就知道了

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-10 20:18:54

wuyiyyyy 发表于 2019-7-10 13:59
我有个想法是先用ADMP算出分子的分解产物，有了反应的原料和产物，再去推反应过程，得到反应的能垒。一般能 ...

可以利用AIMD跑出来的分解轨迹来作为找分解反应TS初猜结构的参考，之后算出来势垒再估计具体分解温度是可行的

wuyiyyyy · 发表于 Post on 2019-9-24 15:36:21

用reaxff跑出来了，误差10℃以内，真心花了好久时间。
这种复杂问题还是MD靠谱

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[Gaussian/gview] 怎样用ADMP计算单个分子的热稳定定性？