双路E5-2696v3装配实录

ChrisZheng

买了Sob老师同款服务器，简单记录一下，方便自己，方便他人。因为涉及很多内容，所以就放在灌水版吧。放灌水版还有一个原因是这个记录首先发在我自己的网站了，所以这个算转载

首先主机效果很炫，我的手机有点渣拍不出来，还是用性能说话，打开htop后CPU栏都快显示不全啦。

装配和Arch Linux安装的注意事项

1. 我的显示器是Dell U2515H，只有DisplayPort和HDMI接口可用，所以还要额外买一个显卡。联系卖家说有GTX 1050，要800罢，我嫌贵没买，买了个昂达的GTX 750，只要180元不到。
2. 这个显卡有点大，需要把内存的位置换一下才能装上。安装后需要通过跳线屏蔽主板上的集成显卡，方法如下图

3. 我安装的Arch Linux，以下的内容不一定适合你的系统。首先，如果用UEFI不要忘了分ESP。
4. 其次，ESP最好挂在/boot/efi，然后安装的命令是

1. grub-install --target=x86_64-efi --efi-directory=/boot/efi --bootloader-id=grub

复制代码

5. 一些包，比如dosfstools和arch-install-scripts，需要安装到主机上。为啥Wiki没有提醒呢？
6. 配好SSH后可以远程操作，后面的操作基本都是用SSH进行的。配置SSH就是启动SSH服务和复制SSH Key。配置方法可以参考Arch Linux的Wiki。
7. Emacs的Tramp可以让远程操作更方便，比如在Windows下我可以用/sshx:E5internet|sudo::/etc连到服务器上并且用sudo获得root权限。

ORCA

安装ORCA的方法可以参考之前的教程，这里讲一下怎么远程安装ORCA。所谓远程安装，就是把安装包复制到远程服务器上再安装。

复制安装包

一般人可能会选择用优盘，我觉得那样太low啦，而且不是真正的远程安装，这里用scp命令复制到服务器上：

1. scp -c aes128-ctr /k/orca_4_0_1_2_linux_x86-64_shared_openmpi202.tar.xz E5internet:/tmp/

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上面的命令把本地K盘的安装包复制到了服务器的/tmp里，服务器已经定义到~/.ssh/config文件里了，类似下面这样：

1. Host E5internet
   
2.      HostName 222.222.222.222
   
3.      Port 23333
   
4.      User kel

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选择了加密位数稍微低一些的加密方式aes128-ctr，理论上速度快一点，这里的最终速度是677 K/s，还行。

安装

安装ORCA就是解压，这里的ORCA是共享库版本，和之前的教程有所不同，首先是压缩包的格式变了，解压命令也要变：

1. sudo tar -xJvf "orca_4_0_1_2_linux_x86-64_shared_openmpi202.tar.xz" -C /calc/

复制代码

解压到/calc目录了。

安装openmpi就和原来是一样的，不再详述。话说这里36核并行编译要花好几分钟，我有点怀疑人生，是不是买到了假电脑……

注意：和原来教程不一样的是环境变量的设置方法变了，现在的设法是：

1. export PATH=/calc/openmpi-2.0.2/bin:/calc/orca_4_0_1_2_linux_x86-64_shared_openmpi202:${PATH};
   
2. export LD_LIBRARY_PATH=/calc/openmpi-2.0.2/lib:/calc/orca_4_0_1_2_linux_x86-64_shared_openmpi202:${LD_LIBRARY_PATH};

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性能实测

我之前算过两个单核铜配合物的相互作用能，用的是BLYP-gCP-D3/def2-TZVP。具体的结构就不放了，计算体系的分子式是Cu2C26N8H28O10，之前在i7-3630QM (全核睿频大概3.17 GHz)，8 G内存的笔记本上4线程并行，单点用时38′50′′ (2330′′)，用这个数据作为参考(表中i7)，评价一下双路E5 (表中E5)：

CPU	PAL	Time	Speed (s/cycle)
i7	4	2330′′ (73 cycles)	32
E5	4	1039′′ (61 cycles)	17
E5	8	458′′ (32 cycles)	14
E5	12	420′′ (38 cycles)	11

也就是说，性能大约是笔记本i7平台的20倍，当然这里还涉及了操作系统等原因，不过比笔记本提升一个数量级的结果是可以肯定的。

糖

两个让运行ORCA变得容易的bash函数：

1. function set_orca() {
   
2.         export PATH=/calc/openmpi-2.0.2/bin:/calc/orca_4_0_1_2_linux_x86-64_shared_openmpi202:${PATH};
   
3.         export LD_LIBRARY_PATH=/calc/openmpi-2.0.2/lib:/calc/orca_4_0_1_2_linux_x86-64_shared_openmpi202:${LD_LIBRARY_PATH};
   
4.         orca="/calc/orca_4_0_1_2_linux_x86-64_shared_openmpi202/orca"
   
5. }
   
6. 
   
7. function run_orca() {
   
8.         [[ -z "$1" ]] && { [[ -e "a.inp" ]] && nohup ${orca} "$(realpath "a.inp")" &>> a.out & }
   
9.         [[ -z "$1" ]] || { [[ -e "$1" ]] && nohup ${orca} "$(realpath "$1")" &>> a.out & }
   
10. }
    

复制代码

把它们放在~/.bashrc后，输入set_orca设置ORCA运行环境，输入run_orca在当前目录运行ORCA，要么在run_orca后面加上输入文件的名字，否则默认的输入文件是“a.inp”。

Gromacs

Arch Linux的包不是非常多，但很多软件可以在AUR里找到。下面是安装Gromacs的记录：

1. cd /tmp
   
2. git clone https://aur.archlinux.org/gromacs.git
   
3. sudo pacman -S cuda opencl-nvidia
   
4. cd gromacs
   
5. makepkg -s
   
6. sudo pacman -U gromacs-2016.4-2-x86_64.pkg.tar.xz

复制代码

这里安装了Gromacs 2016.4。但上面的命令要想正确执行还需要做如下操作：

1. 不仅要安装CUDA，还要设置环境变量：

1. export CUDA_HOME="/opt/cuda"
   
2. export LD_LIBRARY_PATH=${CUDA_HOME}/lib64:${CUDA_HOME}/lib64/stubs:${CUDA_HOME}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
   
3. export PATH=${PATH}:${CUDA_HOME}/bin

复制代码

2. 就算设置了上述环境变量还会出现找不到libnvidia-ml.so.1的问题，在/opt/cuda/lib64/stubs里是有libnvidia-ml.so的，所以链接一下就可以

1. sudo ln -s /opt/cuda/lib64/stubs/libnvidia-ml.so /opt/cuda/lib64/stubs/libnvidia-ml.so.1

复制代码

3. 下载regressiontests-2016.4.tar.gz特别慢，几乎下不动，索性取消这个检查，在PKGBUILD文件里把-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON改成-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF就可以了。

多灾多难的Gromacs安装过程，断断续续用了一天时间。

MOPAC2016

和Groamcs一样，我是第一次在Linux上装MOPAC。除了要按照帮助文件，还需要做如下的链接才能在比较新的CUDA环境中运行MOPAC。

1. sudo ln -s /opt/cuda/lib64/stubs/libcuda.so /opt/cuda/lib64/stubs/libcuda.so.1

复制代码

我写了一个小的bash函数自动配置mopac的运行环境

1. function set_mopac() {
   
2.         export MOPAC_LICENSE="/calc/mopac"
   
3.         export CUDA_HOME="/opt/cuda"
   
4.         export LD_LIBRARY_PATH=${MOPAC_LICENSE}:${CUDA_HOME}/lib64:${CUDA_HOME}/lib64/stubs
   
5.         export mopac="/calc/mopac/MOPAC2016.exe"
   
6. }

复制代码

随便找一个跑过的任务丢上去跑一下，比在本地快不了多少，在服务器上跑主要是方便，再就是可以批量处理。

还安了一些软件，比如Multiwfn，很平滑没有什么好记录的。因为服务器自己用，也没有搞什么队列系统，用起来很随意。

最后感谢Sob老师对计算化学软硬件发展做出的贡献！

先写到这里吧。感谢各位的加分，我觉得论坛写内容不是很舒服，可能是markdown用惯了

caofan_success

感谢分享，是在淘宝买的吗？

ChrisZheng

caofan_success 发表于 2017-12-25 07:52
感谢分享，是在淘宝买的吗？

是的，走淘宝，就是看了sob老师推荐买的

airyang

ChrisZheng 发表于 2017-12-25 09:31
是的，走淘宝，就是看了sob老师推荐买的

求个价格 = =！以及楼主CPU是买的正式版还是正显版，以及成色如何。（主要现在价格都好高，稍低的就是说成色稍差点儿，也不知道敢不敢买）

youyno

hostname 222.222.222.222
哈哈哈哈哈哈！

glb88

哪家淘宝店啊，我也想买，但是不知道哪家店靠谱，最近sob老师更新了这个，只要5500左右就可以买到，我也想买同款