求amber相关力场或者opls力场各种离子的力场参数

HZW · 发表于 Post on 2021-2-16 16:41:32

好的，谢谢卢老师

牧生 · 发表于 Post on 2022-5-14 11:40:21

本帖最后由牧生于 2022-5-14 12:45 编辑

①JPCB这篇文章开发的高价金属离子的参数，分别给了TIP3P，spce，tip4pew水模型下的参数，这些值有一些差别。。那我如果用别的水模型的时候，比如opc，或者tip4p-ice，那我该选用哪个参数呢？

② 一些阴离子的参数，比如 amber力场下的ions.itp没有BR，但是ffnonbonded.itp里面有BR的参数，看起来像是溴离子的参数。那么，我在ions.itp里面添加如下内容，就是添加了溴离子吧？？就可以直接include吗
[ moleculetype ]
; molname    nrexcl
BR             1

[ atoms ]
; id at type       res nr  residu name    at name  cg nr  charge
1    Br             1    BR             BR    1    -1.00000

690581905 · 发表于 Post on 2022-6-1 08:54:42

fhh2626 发表于 2017-12-28 11:41
拿去用吧
http://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp505875v

老师，我想问一下，在这个itp文件里的角的势函数5在gromacs里找不到，在库里的势函数都是1，该怎么解决

zdworld · 发表于 Post on 2023-8-4 20:52:05

HZW 发表于 2021-2-11 00:36
但是sigma那个参数怎么算的，从amber力场离子参数下的Rmin/2

请问楼主会算了吗

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