rmsf和PCA的分析怎么做？

胡姐姐

胡姐姐 发表于 2018-1-10 13:32
在我这里，您就是大神的！我知道大神说的很明白了，由于我平时知识积累的太少，所以没办法理解大神说的{: ...

gmx grompp -f npt-nopr-md.mdp -c npt-pr.gro -p fws.top -o npt-nopr.tpr。  这是教程中指出的生成tpr文件。
1.我知道PBC是周期性边界条件，改的是边长和中心坐标吗？
2.npt.mdp是把续跑的这个文件
structure              all_wb_ion.psf
coordinates            all_wb_ion.pdb

set init_temp         100
set desired_temp      300
#temperature          $init_temp
set outputname        all-2nd
# Continuing a job from the restart files
binCoordinates     all-1st.restart.coor
binVelocities      all-1st.restart.vel  ;# remove the "temperature" entry if you use this!
extendedSystem          all-1st.xsc
firsttimestep      21520000
paraTypeCharmm         on
parameters             par_all36_prot.prm
parameters             toppar_water_ions.str
parameters             sub.final.str

exclude                scaled1-4
1-4scaling             1.0
cutoff                 12.0
switching              on
switchdist             10.0
pairlistdist           14.0

timestep               2.0
rigidBonds             all
nonbondedFreq          1
fullElectFrequency     1
stepspercycle          20

wrapAll                on
wrapWater              on
wrapNearest            on

PME                    yes
PMEGridSizeX           72
PMEGridSizeY           72
PMEGridSizeZ           72

outputName             $outputname

restartfreq            2000     ;# 2000steps = every 1ps
dcdfreq                2000
xstFreq                2000
outputEnergies         500
outputPressure         500

langevin               on   ;# do langevin dynamics
langevinDamping        5    ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp           $desired_temp
langevinHydrogen       on    ;# don't couple langevin bath to hydrogens

useGroupPressure       yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell        no
useConstantArea        no
langevinPiston         on
langevinPistonTarget   1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod   200
langevinPistonDecay    500
langevinPistonTemp     $desired_temp
run                    20000000

保存为mdp吗？
3.coord坐标文件改为gro？
4.拓扑文件是将 all_wb_ion.psf  改为top  对嘛？

胡姐姐

胡姐姐 发表于 2018-1-10 14:29
gmx grompp -f npt-nopr-md.mdp -c npt-pr.gro -p fws.top -o npt-nopr.tpr。  这是教程中指出的生成tpr ...

@霜晨月   您看见我的问题了么

霜晨月

胡姐姐 发表于 2018-1-10 14:29
gmx grompp -f npt-nopr-md.mdp -c npt-pr.gro -p fws.top -o npt-nopr.tpr。  这是教程中指出的生成tpr ...

你要是用gmx进行RMSF或PCA分析的话，只要pdb和trr（或xtc）就行了，不用生成tpr。但pdb和trr的原子必须一一对应。
PBC问题，指的是如果你用NAMD跑出来的dcd轨迹里面，蛋白跨越了PBC边界（VMD里面看上去，蛋白是断掉的、非常古怪的结构），你得先修正了这个问题，把蛋白变成完整的、正常的结构，然后才能用catdcd转换成trr。

fhh2626

胡姐姐 发表于 2018-1-10 13:36
那我是在算rmsf之前，先算一下整个轨迹的平均结构是吗？

最简单的办法就是载入平均结构--载入轨迹（在同一个molecule下）--点align--点rmsd--点plot

霜晨月

fhh2626 发表于 2018-1-10 23:40
最简单的办法就是载入平均结构--载入轨迹（在同一个molecule下）--点align--点rmsd--点plot

这样算出来的应该是各帧相对于平均结构的RMSD，即time series of RMSD using 平均结构 as the reference，不是楼主要的RMSF。

fhh2626

霜晨月 发表于 2018-1-11 09:34
这样算出来的应该是各帧相对于平均结构的RMSD，即time series of RMSD using 平均结构 as the reference ...

嗯，你说得对，还要再平均一次，见笑了
RMSF一般是算每个residue的振动幅度的，不是算整体的