基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法

sophieding · 发表于 Post on 2021-2-4 16:14:17

sobereva 发表于 2021-2-4 03:23
此帖所有图都是等值面图，不是等值线图，对于平面图才有等值线图，先说清楚到底要等值面图还是等值线图

老师，需要的是等值面图

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-6 03:52:22

sophieding 发表于 2021-2-4 16:14
老师，需要的是等值面图

直接用下面文中的做法让Multiwfn产生福井函数的格点数据并导出为cube文件，放到gview里显示等值面图就完了，简单至极，完全不用管其它什么cub文件
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484（http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html）

嘟嘟嘟嘟 · 发表于 Post on 2021-5-27 10:15:14

老师您好，博文中【而更为一般化，也往往显示效果更好的做法是先用Multiwfn计算用来定义等值面的函数的格点数据，导出为cube文件；然后再计算出被投影的函数的格点数据，也导出cube文件】，我想问下，如果我想画f+和f0，定义等值面的函数的格点数据是N+1.cub和N+1.cub/2吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-27 22:38:20

嘟嘟嘟嘟发表于 2021-5-27 10:15
老师您好，博文中【而更为一般化，也往往显示效果更好的做法是先用Multiwfn计算用来定义等值面的函数的格点 ...

看不懂你的意思
如果你要绘制f+和f0投影到范德华表面的图像，显然得用电子密度格点数据的cub来显示等值面，这样才能得到rho=0.001等值面。之后把什么函数往上投影是另外一回事

嘟嘟嘟嘟 · 发表于 Post on 2021-5-28 10:20:06

sobereva 发表于 2021-5-27 22:38
看不懂你的意思
如果你要绘制f+和f0投影到范德华表面的图像，显然得用电子密度格点数据的cub来显示等值 ...

老师，不好意思，基础知识不过关，对这里不清楚，表述的不大到位。我按照您f-的做法，说一遍f+相应的做法，麻烦您看对不对哈：
（1）基于优化的中性的晕苯的结构，将电荷和自旋多重度改为-1 2，算个单点任务，将得到的chk转换并命名为N+1.fch。
（2）启动Multiwfn，输入以下内容
（3）N+1.fch
      5 //计算格点数据
      1 //电子密度
      2 //中等质量格点（如果是大体系，建议选high quality grid以保证之后绘制的图像质量较好）
      2 //将格点数据导出为当前目录下density.cub。然后手动把此文件改名为N+1.cub
      0 //回主菜单
      5 //计算格点数据
      0 //自定义运算
      1 //将有1个文件对N+1.fch进行运算
      -,N.fch   //将令N+1.fch的函数值减去N.fch的函数值
      1 //电子密度
      2 //中等质量格点（必须与产生N+1.cub时用的格点设定严格相同）
      2 //将格点数据导出为当前目录下density.cub。然后手动把此文件改名为f+.cub

然后在Gaussview中绘制填色等值面
（4）把N+1.cub拖到gview里
      Results - Surfaces/Contours
（5） Cube Actions - Load Cube，选f+.cub
此时Cubes Available里面会有两套格点数据。选中第一个，把Density框里的数值改为0.01
Surface Actions - New Mapped Surface - OK

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-28 13:01:49

嘟嘟嘟嘟发表于 2021-5-28 10:20
老师，不好意思，基础知识不过关，对这里不清楚，表述的不大到位。我按照您f-的做法，说一遍f+相应的做法 ...

不对。
显示等值面应当用N.cub

嘟嘟嘟嘟 · 发表于 Post on 2021-5-28 13:28:10

sobereva 发表于 2021-5-28 13:01
不对。
显示等值面应当用N.cub

好的，老师。就是实际操作的时候，在（4）中使用N.cub，而替换的只是（5）中f-，f0，f+，等函数对吗？实际上就是把电子密度差值投影到初始状态，观察其相应的变化？

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-29 00:19:15

嘟嘟嘟嘟发表于 2021-5-28 13:28
好的，老师。就是实际操作的时候，在（4）中使用N.cub，而替换的只是（5）中f-，f0，f+，等函数对吗？实 ...

对

嘟嘟嘟嘟 · 发表于 Post on 2021-5-29 10:43:02

sobereva 发表于 2021-5-29 00:19
对

谢谢老师！

刘看山看山 · 发表于 Post on 2024-7-25 22:05:19

本帖最后由刘看山看山于 2024-7-25 22:26 编辑

启动Multiwfn，输入以下内容
N＋1.wfn
5 //计算格点数据
1 //电子密度
2 //中等质量格点（如果是大体系，建议选high quality grid以保证之后绘制的图像质量较好）
2 //将格点数据导出为当前目录下density.cub。然后手动把此文件改名为N.cub
0 //回主菜单
5 //计算格点数据
0 //自定义运算
1 //将有1个文件对N.wfn进行运算
-,N.wfn //将令N＋1.wfn的函数值减去N.wfn的函数值
1 //电子密度
2 //中等质量格点（必须与产生N.cub时用的格点设定严格相同）
2 //将格点数据导出为当前目录下density.cub。然后手动把此文件改名为f＋.cub

把N.cub拖到gview里
Results - Surfaces/Contours
Cube Actions - Load Cube，选f＋.cub
此时Cubes Available里面会有两套格点数据。选中第一个，把Density框里的数值改为0.01
Surface Actions - New Mapped Surface - OK

请问老师们f＋在gaussView中的填色等值面图是这样画的嘛，为什么我画出来和f－一样

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-26 03:56:40

刘看山看山发表于 2024-7-25 22:05
启动Multiwfn，输入以下内容
N＋1.wfn
5 //计算格点数据

先确保对f-.cub和f+.cub绘制等值面图确实看到的不一样再说。如果不同，说明当前作图设置下填色等值面图的差异太小，肉眼难以分辨

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Multiwfn资源与经验] 基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法